5商务部

商务部侧重于食品流通管理，主要职责是通过积极开展“争创绿色市场”活动，整顿和规范食品流通秩序，建立健全食品安全检测体系，监管上市销售食品和出口农产品的卫生安全质量。1999年，商务部会同财政、卫生、铁道、交通、工商、质检、和环保等八大部门实施了以保障食品安全为目的，以建立健全加工和流通环节食品安全保障体系为手段，以严格市场准入为核心，以“提倡绿色消费、培育绿色市场、开辟绿色通道”为主要内容的“三绿工程”。

6国家工商行政管理总局

国家工商行政管理总局负责组织实施市场交易秩序的规范管理和监督，对食品生产者、经营企业和个体工商户进行检查，审核其主体资格，执行卫生许可前置审批规定。同时，查处假冒伪劣产品和无证无照加工经营农副产品与食品等违法行为。2003年，国家工商行政管理总局在全国范围内确定了10个重点监管的食品专业市场，对食品生产、经营企业和个体工商户进行了一次普遍排查。开展了重点针对粮油、酒类、调料、肉及肉制品、蔬菜、水果、奶、豆制品、水产品、饮料等食品及节日消费食品的专项质量抽查。

7科技部

科技部主要负责食品安全科研工作，具体工作主要由农村与社会发展司负责。其基本思路是“反弹琵琶”，抓好市场准入安全这一关键环节，加强技术攻关与集成，应用示范与对策研究并重，落实“人才、标准、专利”三大战略。

根据提高食品安全水平的需要，科技部设立了“食品安全关键技术”这一重大专项研究项目，主要内容包括：共性技术研究，包括污染物、农药残留、兽药残留、生物毒素、病原微生物等检测、控制、监测技术研究；标准体系建设，包括食品安全标准总体设计、重要标准和技术措施的制定；综合示范，以市场为导向，政府、科技界、产业界紧密合作，实现“农田到餐桌”全程监管；进行食品安全战略和政策研究，制定《食品安全科技发展纲要》，出版《食品安全科技年度报告》。

8其他部门

除了以上部门外，还有一些政府机构也参与了食品检验和控制。例如，铁路和交通管理部的食品安全监督司参与自己职责领域内的食品安全检验工作；环保局参与产地环境、养殖场和食品加工流通企业污染物排放的监测与控制工作。