公元1227年，蒙古灭西夏。1247年，藏传佛教萨迦派首领萨迦•班智达在凉州（今甘肃武威）与蒙古皇子阔端议定乌思藏（今西藏拉萨、日喀则、阿里等地）归附蒙古汗国，各部首领受封官职。1271年蒙古大汗忽必烈定国号为元，乌思藏进而成为统一的多民族的大元帝国的一部分，正式纳入中国版图。

元朝统一中国后，根据藏族地区的实际情况，采取了一系列影响深远的施政措施：

——首次设置负责管理西藏事务的中央机构总制院（1288年改称宣政院）。宣政院使（主管官员）一般由丞相兼任，副使由帝师举荐的僧人担任。

——任用藏族僧俗担当从中央到地方高级官吏。1260年，忽必烈即位当年即敕封萨迦派高僧八思巴为中央政府核心层高级官员——国师（1270年晋封为帝师），统领全国佛教，兼管乌斯藏地方事务。这是历史上中央王朝首次设立的最高僧职，以后即成定制。此后，乌思藏地方行政机构之设裁及官员的任免、升降、赏罚皆由中央决定。

——划分西藏地方行政区域。元朝中央设乌思（前藏）、藏（后藏）、纳里速古鲁孙（古藏语中对阿里一带的习惯称呼）等三路宣慰使司，直属宣政院管理；在乌斯藏设立了13个万户府和若干个千户所，并征收赋税。在乌思藏首府萨斯迦（今萨迦）设置本钦一员，协助宣慰使司节制各万户。

元朝的宣政院直辖地专为藏族地区的行政管理而设，共有三个，这一划置对明清以来藏族地区的行政区划的形成起到了奠基作用。 

摘自《中国西藏:事实与数字2006》