6月20日以来，全国政协办公厅、全国政协文史与学习委员会组织专家分山东、江苏、浙江三路对大运河进行调研。此次调研活动，是继2006年5月大运河保护与申遗考察之后的跟踪调研。

6月20日至25日，调研组沿大运河山东段的德州、聊城、泰安、济宁和枣庄等市，行程1500公里，深入调研了各地大运河保护与申遗工作的进展情况，并就健全保护与申遗法律法规、制定全线保护规划，加强沿线污染治理，探索保护与开发的双赢模式。

6月21日，考察了大运河德州段的保护开发情况。调研组一行先后到苏禄王御园、大运河德州段仓栈、货场，扒鸡文博馆、供水公司第一水厂、四女寺水利枢纽进行了实地考察。

在江苏期间，调研组冒着江淮梅雨，先后考察了宿迁、淮安、扬州、常州、苏州段运河。调研组在淮安先后到位于淮阴区码头镇的康熙御坝、葫芦河、惠济祠，市区的清江大闸、吴公祠、清晏园、江南河道总督署，楚州区的河下古镇、总督漕运部院遗址进行实地考察。6月22日，调研组在宿迁考察了乾隆行宫、项王故里、大王庙进地。6月23日至24日，调研组在扬州听取了市政府专题汇报，实地考察了古运河城区段及运河入江口。考察组对扬州市大运河保护与申遗工作给予了充分肯定，认为扬州在大运河保护与申遗方面做了很多工作，考虑问题比较细致，工作扎实，较好地处理了运河文化遗产保护与古城建设的关系，较好地处理了保护遗产与转换功能的关系，较好地处理了人文景观与自然景观的关系，在保护好大运河文化遗产的同时，促进了城市建设发展。6月24日，调研组在镇江考察了西津古渡历史街区和古运河风光带以及南山南朝文化遗迹，船员“救生会”遗址、西津古渡历史街区北侧新发掘的清代古渡码头遗址，给调研组留下了深刻印象。西津古渡历史街区两侧清代古渡河口及码头遗址的发掘，作为清代运河及渡口文化的再现，得到了全国政协“申遗”调研组和专家们的一致赞叹。在苏州，调研组听取了汇报，考察了枫桥漕运展示馆和铁铃关、寒山寺、胥门、盘门、瑞光塔等运河沿岸重点文物保护单位，参观了苏州博物馆新馆和忠王府。调研组高度肯定近几年苏州在大运河文化遗产方面所做的工作。

在对大运河浙江段以及绍兴、宁波、嘉兴、湖州、杭州等五个沿岸城市的调研中，全国政协委员以及各方面专家指出并强调，大运河是至今仍活着的、还在发挥作用的人类线性文化遗产。但是，目前一些地区和城市对大运河申遗还存在很多误区，在以后的申遗准备过程中必须处理好保护和发展的关系，避免在所谓整修建设中造成新的破坏。

和前次调研相比，此次运河沿岸城市显得更加积极和主动。此次全国政协再次组织文化、古建筑、环保、水利、文物专家组成专家团分三组对大运河考察，目的是加强和协调各城市申遗筹备各项工作的指导和落实，同时也希望通过调研扩大申遗城市的范围，保持运河线性文化遗产的整体性。浙江绍兴和宁波都希望藉此机会加入“圈子”。

专家们认为，绍兴和宁波是否能加入大运河申遗城市联盟，主要看浙东古运河和杭甬运河对于大运河的整体性的阐述，以及对其历史遗存的保护和考据程度。此前部分专家对浙东运河是否属于大运河存在争议，因为大运河浙江境内主要经过的是嘉兴、湖州和杭州。绍兴方面请调研组考察了浙东古运河的古纤道，这是兴建于春秋时期的古运河。宁波方面强调，杭甬运河对于连接京杭运河的出海口，无论是古代还是现代的军事和航运都至关重要，因此也应属大运河体系不可分割的一部分。调研组也有专家认为，杭甬运河修建历史缺乏翔实的考据。

考察中，调研组有成员认为，杭甬运河巧妙运用了水位变化来设计船闸是中国运河技术的重要创造，也有部分专家对其是否能纳入大运河申遗项目持保留意见。