后金天命十一年（1626）八月二十一日，努尔哈赤毒疽发作而，死，皇太极继承汗位。关于皇太极是如何继位的问题，有不同的说法。

据朝鲜史籍《鲁庵文集》记载：“老汗（努尔哈赤）临死曰：洪佗始（皇太极）能成吾志。终无所命而死。”因而皇太极得汗位，是符合努尔哈赤临终之命的。

长期以来，一些明清史专家认为，皇太极汗位是从其幼弟多尔衮手中篡夺来的。清人蒋良骐的《东华录》顺治八年（1651）二月己亥诏内载，多尔衮声称“太宗文皇帝（皇太极）之位原系夺立”，暗示皇太极篡夺汗位。据说，努尔哈赤生前已立多尔衮为嗣子，而皇太极用阴谋狡诈的手段从其幼弟手中夺取了汗位，为去除篡位障碍，还逼迫多尔衮生母大妃纳喇氏死殉。此说受到一些人怀疑，因为努尔哈赤痛恨多尔衮生母不忠，去世前特命她死殉。当时多尔衮才十五岁，既无功业，亦无威望，故不可能立多尔衮为嗣。皇太极即位后，对多尔衮“特加爱重”，大力培养提拔，多尔衮对皇太极的恩育万分感念，尽心尽力辅佐皇太极，勋劳卓著，成为皇太极最得力的助手。总之，皇太极与多尔衮兄弟感情较好，无法想像皇太极对多尔衮干下篡位、杀母的勾当。

有的则认为，皇太极的汗位是通过激烈争斗，力克竞争对手而得到的。努尔哈赤死后，皇太极与诸贝勒争夺汗位的斗争白热化，最后皇太极击败对手自立为汗。其间，皇太极与代善的争斗尤为激烈，代善有勋绩，有声望，也有势力，长期以来一直是汗位的有力竞争者，皇太极抓住一切机会打击代善，如利用代善与大妃纳喇氏的暧昧关系，推波助澜，借助舆论，促使努尔哈赤罢黜大妃，代善威望遭受损害。努尔哈赤死后，又逼大妃死殉，削弱代善的势力，最后压服代善，夺取汗位。

还有学者认为，皇太极汗位并非夺立，而是由诸贝勒推举产生。太祖努尔哈赤生前未立嗣子，而是确立了八和硕贝勒共治国政的制度，为汗者须请贝勒推举产生。当时诸贝勒中，数皇太极实力最强，努尔哈赤死去当天，代善长子劝代善说：“四大贝勒（皇太极）才德冠世，深契先帝圣心，众皆悦服，当速继大位。”代善表示同意。次日，在诸贝勒大臣聚于朝时，代善提议举皇太极为汗，请贝勒“皆喜曰善。议遂定，乃合词请上即位”。《鲁庵文集》所记更富戏剧性：代善表示，按努尔哈赤遗愿，当立皇太极为汗。皇太极推辞，主张代善当立，并“相让走避”。国不可一日无一君，大臣们一会儿去请代善，一会儿去拉皇太极，“号呼奔走于两间者再三，凡三日”，最后还是代善使人“群拥”皇太极即位。这里不见刀光剑影、不择手段的权力争斗，代之以和平友好的互相谦让。这与贯串清朝特别是其前期血腥的最高权力之争，形成强烈反差，令人难以置信。其中虽有言过其实之处，但按当时情况，民主推举皇太极为汗，还是有可能的。因为，当时人们相当崇尚武功，而皇太极的武功远远超过才十几岁的多尔表，与代善比也不相上下；此外，在政治识见、军事才能和个人威望上，皇太极都高出请贝勒一筹，由于君主专制制度尚未发展完善，遇大事须协商办理，因而推举才能卓著的皇太极即位，是不足为怪的。