懒于朝政,多年不理政事,可算是万历皇帝一生最大的特点。万历懒于朝政的原因之一是关于立嗣。事情万历年轻之时，偶尔行到母亲的寝宫，发现了一个宫女长的非常可人，于是私下临幸，谁知宫女竟怀了龙种，万历的母亲本就是宫女，因此，并没有为难这个宫女，反倒让万历皇帝封他为妃，十月怀胎，生下了一个皇子，他就是光宗朱常洛，万历皇帝对王宫女的临幸只是一时兴起，并不当真，新劲一过便不想负责任，因此他对王氏、朱常洛都没有什么感情。而当时的郑贵妃，宠冠后宫，是万历皇帝的心尖，郑贵妃是邀宠的好手，把个万历皇帝弄的神魂颠倒，对她言听计从。郑贵妃也有儿子，朱常洵。这个小孩长的也招人爱，出身也好，万历皇帝在郑贵妃的怂恿下，总想借机立他为太子，于是就想出了种种办法，但遭到正直大臣们的极力反对，当时太子又叫国本，因此，皇帝与大臣间的这次斗争又称为国本之争。国本之争是继嘉靖朝“大议礼”后的又一次大规模的皇帝与大臣的冲突，不过这次的胜利者应该是众大臣，因为朱常洛毕竟登上了皇位。 梃击风波可以说是从国本之争演变而来，他也是郑贵妃为了能使自己的儿子继承皇位，所做的孤注一掷的最后进攻，国本之争大臣的势力占了上风，郑贵妃心中非常着急，于是派自己的心腹太监雇人，行刺太子，被雇的人明叫张差，在太监的配合下，他顺利地到达了太子寝殿的门口，当他手持木棒杀进去的时候，被守门的太子宫中太监当场抓住。 这就是著名的梃击案。以上只是对此案的一家之言，关于案件的说法还很多，总没有一个定论，因此此案被列为了明宫三大疑案。此案也说明了当时太子朱常洛的地位是多么危险。

阎崇年的《明亡清兴六十年》一书中,把万历皇帝怠政的表现总结为“六不做”。“六不做”即不郊、不庙、不朝、不见、不批、不讲。“不郊不庙”就是不亲自祭祀天地和祖宗。《左传》说:“国之大事,在祀与戎。”祭祀天地祖宗历来是天子最重要的活动,万历连敬天祭祖都不参加,可见懒到了什么程度。“不朝”就是不上朝,“不见”就是不接见大臣,万历皇帝有二十几年不上朝,明军萨尔浒大败后,大学士方从哲上疏,希望皇帝能够出御文华殿,召见文武百官,结果这个请求如泥牛入海,没有回音。“不批”就是不批阅奏折。万历对付朝臣奏折的办法是“留中”,就是对朝臣的奏章不做批示,既不说同意也不说不同意,既不褒扬也不批驳,也不出示外廷讨论,总之,就是全无回应。上朝理事和批阅朝臣奏章是皇帝了解政局,执掌朝政的主要手段,不朝不见不批,相当于与朝臣断绝了联系,成了一个隐居皇帝。

除了懒惰之外,万历也是一个以贪婪著称的皇帝。早在还是个孩子的时候,万历就想方设法在宫外搜寻一些珍奇玩物填充自己的小私库;到万历中期,他几乎使自己与朝臣处于对立的形势,不管阁臣想要他去做点什么或批准什么事,他都要讨价还价,多少总要捞一点才肯罢休。万历一朝,抄家之风盛行,也是万历的贪财所致。冯保和张居正获罪后都抄了家,此后朝臣有罪往往要抄家,而抄家常常大有收获,让万历觉得这个来钱的法子比向国库伸手方便多了。万历所想的生财之道中,为害最大的是“矿税”一项。万历先后派出内监多批征收矿税,几乎遍布中国各地,虽统名为矿税,实际远不限于矿业,两淮有盐监,广东有珠监,总之凡有名目,无不取税,大小内监遍布各地,敲骨吸髓,扰得民不聊生。

多病也是万历的一大特点。万历虽然在位48年,不算短命,但一直病魔缠身,身体状况很糟糕。史书记载万历皇帝长得很胖,甚至说他行动的时候需要小太监帮他捧着肚子。万历的身体状况主要归咎于他荒淫无度的生活。万历皇帝嗜酒贪杯,好色无度,还有玩弄娈童的荒唐行为,据说当时宫中有“十俊”,就是十个聪明俊秀的小太监,“给事御前,或承恩与上同起卧”。万历皇帝并不承认自己的荒淫无度是致病的原因,但从当时南京吏部右侍郎赵志皋上疏中可以看得很明白,疏奏劝皇帝保养龙体,说:“得非衽席之爱不能割,曲蘖之好不能免乎?”所谓“衽席之爱”“曲蘖之好”说的就是“色”和“酒”两个字了。《明神宗实录》里有很多万历自陈病体沉重的话,如,万历四十六年他对首辅方从哲说:“朕入伏以来,着湿熏蒸,不时腹泻,头目眩晕,身体发软。今见服药未愈,临朝不便。”有学者认为,万历后期的隐居不出,不理朝政,非不为也,实不能也,是真的病得不能动了,理由之一是,万历一向以孝顺闻名,但万历的嫡母陈太后病逝,她的葬礼万历都没能参加,可见病情属实,不会是借故偷懒了。

万历四十八年七月，万历皇帝走完了他矛盾的一生，他曾作为一代英主，在张居正的辅佐下，使大明王朝的经济得到了空前的繁荣，他也曾穷奢极欲，横征暴敛，背负了千古骂名，在他五十八岁的这一年，他终于回到了天上，他终于可以摆脱心中善与恶的斗争了。