皇太极通过“讲和”手段，争取时间，以达到“自固”的目的，在后金内部实行全面的社会改革措施。

1.南面独坐

皇太极为了加强以汗为首的中央集权，削弱八旗贝勒的权势，逐步废除反映氏族社会军事民主落后的八和硕贝勒共治国政制度。他采取各种办法，狠狠打击足以与自己争权的三大贝勒的势力。当时，后金的决策机构议政会议被八主旗贝勒所控制，而三大贝勒又是其中能左右的力量，因此极大地束缚着汗权。早在天命十一年（1626年）九月，皇太极即汗位后，沿袭旧制，仍在每旗设总旗务大臣一名（即固山厄真），但是扩大了他们的权限，规定“凡议国政，与诸贝勒偕坐共议之，出猎行师，各领本旗兵行，凡事务皆听稽察”。同时又在每旗设佐管旗务大臣二员，调遣大臣二员，前者“佐理国政，审断状讼”，后者“出兵驻防，以时调遣，所属词讼，仍令审理”。这就在一定程度上削弱了诸贝勒掌管旗务的权力，而且使他们处在众多人员的监督和制约之中。天聪三年（1629年）正月，皇太极以关心三大贝勒身体健康为由，他说：“向因值月之故，一切机务，辄烦诸兄经理，多有未便。嗣后，可令以下诸贝勒代之，倘有疏失，罪坐诸贝勒”，于是“以诸贝勒代理值月之事”。这不仅削去三大贝勒每月轮流执政的大权，而且拉拢和团结其他贝勒为己用，从而提高了后金汗的地位。

可是，每当朝会和盛大庆典时，皇太极与三大贝勒居南面并列而坐，如同四汗，一同接受群臣礼拜，无疑有损汗的一尊形象。因此，天聪四年（1630年）六月，皇太极利用二大贝勒阿敏“弃滦州、永平、迁安、遵化四城”败归为口实，召集诸贝勒大臣会议，定阿敏罪状十六条，以“俨若国君”、“心怀不轨”、“丧失城池”、“扰害汉人”等罪名，将阿敏“革去爵号，抄没家私，送高墙禁锢，永不叙用”，以后“病卒于狱”。天聪五年（1631年）八月，在大凌河战役中，皇太极和三大贝勒莽古尔泰发生口角，莽古尔泰拔剑相向，皇太极以此把莽古尔泰治罪，革去大贝勒名号，降为一般的贝勒，夺其五牛录的属员，罚银万两及马匹若干。翌年，莽古尔泰因气愤“以暴疾卒”。

至此，三大贝勒只剩下大贝勒代善一人，是年十二月，当诸贝勒提出莽古尔泰“不当与上并坐”时，代善立即说：“我等奉上居大位，又与上并列而坐，甚非此心所安。自今以后，上南面居中坐，我与莽古尔泰侍坐于侧。”他主动请求退出并坐，得到皇太极允准。天聪六年（1632年）正月，皇太极废除“与三大贝勒俱南坐受”，改为自己“南面独坐”，这标志着汗权的确立。到了天聪九年（1635年）九月，皇太极召开诸贝勒大臣会议，指责代善对己不恭，众议代善“与皇上相左”，列了四条罪状，拟革去大贝勒名号，削除和硕贝勒职，剥夺十牛录所属人口，罚雕鞍马十匹，甲胄十副，银万两。但是皇太极心中有数，这不过是借题发挥，提高汗权而已，所以只罚银马甲胄。从此，威胁汗权的三大贝勒势力已除，皇太极实力大增，其余贝勒无力和他抗衡，使汗权得以加强和巩固。

2.机构改革

努尔哈赤时期，后金的国家行政机构很简陋，基本上是以旗代政，一职多能。皇太极为了适应后金政权的封建化和形势发展的需要，以协调满、蒙、汉关系，强化汗权，使其处于独尊的地位，因此逐步建立一套比较完整的国家行政机构。他要求“凡事都照大明会典行，极为得策”，故行政机构，多仿自明制。

天聪三年（1629年）四月，皇太极设文馆，“命儒臣分为两直，巴克什达海，同笔帖式刚林、苏开、顾尔马浑、托布戚等四人翻译汉文书籍；巴克什库尔缠，同笔帖式吴巴什、查素喀、胡球、詹霸等四人记注本朝政事，以昭信史”。随后，皇太极不断吸收汉人入馆理事，如范文程、宁完我、鲍承先、高鸿中、马国柱、杨方兴、高士俊等。文馆不仅是一个译书、记注的机构，一切往来国书及官员奏章都要经过它办理，而且它的大臣以奏议的方式陈述自己的政治主张，参与议政，可见它已是清代内阁的雏型。

天聪五年（1631年）七月，皇太极接受汉官宁完我的建议，仿明制设吏、户、礼、兵、刑、工六部，每部以贝勒一人领其事，下设承政、参政、启心郎等分掌其职。除吏部设满、蒙、汉承政各一人外，其余各部皆设满承政二人、蒙、汉承政各一人。参政、启心郎，除工部外，各设参政八人，启心郎一人，而工部设满参政八人，蒙、汉参政各三人，满、汉启心郎二人。其余办事笔帖式，各酌量事务繁简补授。虽然贝勒们分掌六部事务，但是他们和皇太极已不是原先的平列关系，而是封建的君臣隶属关系。不久皇太极为了直接控制六部，又进一步削弱贝勒的权力，下令“停王贝勒领部院事”，这样就把贝勒置于国家机构之外，皇太极独主政务。

崇德元年（1636年）三月，皇太极改文馆为内三院，即内国史院，负责撰拟诏令、编纂史书等；内秘书院，负责掌管和起草对外文书与敕谕、祭文等；内弘文院，负责讲经注史、颁布制度等。设置八承政，分管内三院事务。五月，皇太极又更定内三院官制，内国史院大学士一人，学士二人；内秘书院大学士二人，学士一人；内弘文院大学士一人，学士二人，其中以满人为主，兼有汉人和蒙古人。内三院的组织和职掌比文馆更完善、更扩大了。内三院的官员参加国家机密，成为皇太极处理政务的得力助手。

六月，皇太极在三院六部之外，设置都察院，其职掌是参加议奏、会审案件、稽察衙门、监察考试等，“凡有政事背谬，及贝勒大臣有骄肆慢上，贪酷不法，无礼妄行者，许都察院直言无隐”。即使奏事不实，也不坐罪。该院的地位在六部之上，官员的设置与六部相同。与此同时，皇太极设立蒙古衙门，负责管理蒙古诸部事务，官制只分承政、参政二等，每等各有三、四员。到了崇德三年（1638年）七月，更定蒙古衙门为理藩院，设承政一员、左右参政各一员、副理事官八员、启心郎一员。

内三院、六部和都察院以及理藩院，合称三院八衙门，这是仿照明制建立起来的一套比较完整的国家机构。它虽然同八旗制度并存，但是已逐步取代早先八旗所行使的国家权力。皇太极通过这套政权机构，把权力集中起来。

皇太极在机构改革的过程中，也发现一些问题，有些部门“办事多有缺失”，官员“不实心办事”，更有甚者“各部贝勒多在私家理事”。因此，他为了使国家行政机构，能够有效地发挥职能作用，促使各级官吏勤于职守，提高办事人员素质，不断充实官员队伍，采取了两项措施：一是颁布官员升赏、黜罚、考核等法令，如制定《功臣袭职例》，后人根据先人功劳大小袭职，所谓“叙各官功次，赐之敕书”。又对部院各级官吏三年考绩一次，有功者赏，有过者罚，以此来督促官吏，做好工作。二是实行科举制，命生员参加科举考试，吸收大批汉族知识分子参政，这批人“小用之则小效，大用之则大效”，他们被输送到政府部门后，发挥了积极作用。