中国西南地区

重庆市 (4)

1. 重庆缙云山国家级自然保护区

2. 重庆大巴山国家级自然保护区

3. 长江上游珍稀、特有鱼类国家级自然保护区*

4. 重庆金佛山国家级自然保护区

四川省 (22)

1. 四川龙溪－虹口国家级自然保护区

2. 四川白水河国家级自然保护区

3. 四川攀枝花苏铁国家级自然保护区

4. 四川画稿溪国家级自然保护区

5. 四川王朗国家级自然保护区

6. 四川唐家河国家级自然保护区

7. 四川马边大风顶国家级自然保护区

8. 四川长宁竹海国家级自然保护区

9. 四川蜂桶寨国家级自然保护区

10. 四川卧龙国家级自然保护区（直属国家林业局；参见卧龙特别行政区）

11. 四川九寨沟国家级自然保护区

12. 四川小金四姑娘山国家级自然保护区

13. 四川若尔盖湿地国家级自然保护区

14. 四川贡嘎山国家级自然保护区

15. 四川察青松多白唇鹿国家级自然保护区

16. 四川亚丁国家级自然保护区

17. 四川美姑大风顶国家级自然保护区

18. 长江上游珍稀、特有鱼类国家级自然保护区

19. 四川米仓山国家级自然保护区

20. 四川雪宝顶国家级自然保护区

21. 四川花萼山国家级自然保护区

22. 四川海子山国家级自然保护区

贵州省 (9)

1. 贵州习水中亚热带常绿阔叶林国家级自然保护区

2. 贵州赤水桫椤国家级自然保护区

3. 贵州梵净山国家级自然保护区

4. 贵州麻阳河国家级自然保护区

5. 长江上游珍稀、特有鱼类国家级自然保护区*

6. 贵州草海国家级自然保护区

7. 贵州雷公山国家级自然保护区

8. 贵州茂兰国家级自然保护区

9. 贵州宽阔水国家级自然保护区

云南省 (17)

1. 云南哀牢山国家级自然保护区

2. 云南高黎贡山国家级自然保护区

3. 云南大山包黑颈鹤国家级自然保护区

4. 云南大围山国家级自然保护区

5. 云南金平分水岭国家级自然保护区

6. 云南黄连山国家级自然保护区

7. 云南文山国家级自然保护区

8. 云南无量山国家级自然保护区

9. 云南西双版纳国家级自然保护区

10. 云南西双版纳纳版河流域国家级自然保护区

11. 云南苍山洱海国家级自然保护区

12. 云南白马雪山国家级自然保护区

13. 云南南滚河国家级自然保护区

14. 长江上游珍稀、特有鱼类国家级自然保护区*

15. 云南药山国家级自然保护区

16. 云南会泽黑颈鹤国家级自然保护区

17. 云南永德大雪山国家级自然保护区