２００６年１１月８日，在日内瓦召开的世界卫生组织执委会上，来自中国香港的陈冯富珍以２４票比１０票的绝对多数成功当选世界卫生组织总干事。这是自联合国成立６１年以来，中国人第一次出任国际组织最高负责人一职，也是历届世界卫生组织总干事竞选中得票最多的一次。

正在欧洲访问的香港特首曾荫权立即给在前方助选的中国常驻联合国日内瓦代表团沙祖康大使打电话：“听到陈冯富珍在日内瓦竞选成功的消息，我第一个想到的就是你。”

早在竞选投票之前，就有外电报道：“沙祖康是穿针引线，促成中国决定全力支持陈冯富珍参选的关键人物。”

２００６年５月２２日，世卫前任总干事李钟郁突然病逝。在总干事职位出现空缺后，陈冯富珍向中国驻联合国日内瓦代表团的沙祖康大使示意乐于参选。沙祖康经过认真调查和分析以后，以驻日内瓦代表团的名义向中央政府提出建议，推荐陈冯富珍参选新一届世界卫生组织总干事。

没过多久，先后有１３个候选人提出竞选。最后参加这次角逐的有来自中国、日本、墨西哥、冰岛、科威特、芬兰、莫桑比克、土耳其、法国、西班牙、缅甸的１１名候选人，都是非常强劲的对手。

作为中国政府在日内瓦前线的全权指挥官，沙祖康为陈冯富珍的助选打响了第一枪，他说：“当我提出建议时，我就知道这里有风险。这次卫生组织竞选，在世界卫生组织历史上，是最最激烈的。作为个人，提出这样的建议，意味着我必须承担这样的责任，我只能赢，不能输。”

在中央政府的布置下，帮助陈冯富珍竞选的全方位外交展开了。国家主席胡锦涛及总理温家宝之后随即给各国领导人写信推荐陈冯富珍，胡锦涛主席还亲自给美国布什总统打电话。李肇星外长、卫生部高强部长分别给有关国家的外长和部长写信、打电话，外交部先后向３４个驻世卫执委国的中国大使馆发出总动员令，要求他们千方百计，游说争取各驻在国政府支持陈冯富珍。香港特区长官曾荫权和澳门特区首长何厚铧也要求特区政府驻外机构利用所有可能的场合和机会全力为陈冯富珍助选。

为了认真细致地做好其他国家代表的工作，沙祖康频频拜访各国驻日内瓦的大使，详细讲解程序细节。因为他知道，选举国由于自己没有候选人，对程序并不一定很重视，但程序是件大事，必须弄清楚。所以他要做很多细致的工作，让他们明白程序，明确地表态，这都是非常琐碎，同时又是很重要的工作。在选举前几天，沙祖康每天都要会见１２到１３个大使；会议前夕，沙祖康甚至到晚上１１点钟还在会见有关国家的卫生部长。同时，他还要与前后方一起分析形势，对每一个阶段认真回顾，分析选情的进展和各方的反应，根据情况的变化，研究新的解决办法。

２００６年１１月９日，世界卫生组织终于宣布，世界卫生大会特别会议今天决定任命中国推荐的陈冯富珍为该组织第七任总干事，任期５年。

结果正式宣布以后，极度劳累的沙祖康感到每一根骨头都散架了。他激动地说：“我在日内瓦期间，可以说搞了许多许多的竞选，这次竞选是最累的。中国一句古话，叫做‘男儿有泪不轻弹，只因未到伤心处’。我要说的是，要改一改，‘男儿有泪不轻弹，只因未到高兴处’。当票数报到１８票的时候，我沙祖康流下了激动的眼泪，我是刀架在脖子上都不会流眼泪的人，我有这样的自信，可是我太兴奋了。所以说，报到１８票，１９、２０、２１、２２、２３、２４票的时候，我简直没有话可说了，非常高兴。”

可以说，这是沙祖康有生以来最高兴的一次成功。他说：“我终于成功了，我们的国家终于成功了，因为有太多的付出，因此才有太多的激动，我很在意这场选举，我就是要看一看，中国的国际影响到底怎么样。我们的陈冯富珍表现非常突出，她也是很不容易。”

沙祖康驻日内瓦联合国使团和多边机构大使５年的外交生涯中，为中国争取到国际组织的高级职务，这并不是第一次。５年来，沙祖康率领他的团队展开繁忙而卓有成效的多边外交谈判和斡旋，先后为中国成功争取到世界气象组织、国际电信联盟、万国邮政联盟、世界知识产权组织等国际组织重要领导职务；还为中国香港争取到２００６年世界电信展主办权，结束了日内瓦对该展览长达３３年的垄断历史。

事实上，陈冯富珍作为来自香港特区的同胞，她竞选成败的政治意义远非如此。中国政府以压倒多数为陈冯富珍竞选成功的事实，向台湾的同胞昭示，只要回到伟大祖国的怀抱，就能享受伟大祖国的尊严荣誉和骄傲，搞“台独”的人是没有出路的。

早在２００１年沙祖康刚上任不久，台湾就把进攻重点放在了只有主权国家才能加入的世界卫生组织，台湾当局在每年召开世界卫生大会时都派出人数最多的啦啦队，以公众名义进入会场旁听席起哄，扰乱大会秩序。

２００２年一次世界卫生组织大会前，身为中国常驻联合国日内瓦办事处大使的沙祖康和美国卫生部部长两人差点打了起来。事因是当时对于台湾问题的分歧，沙祖康和美国大使事前已达成谅解，可是当时与会的美国卫生部长汤姆森尚不知情。

当时，美国大使也在场，他向沙祖康介绍了卫生部长汤姆森。三人一起坐在了走廊上的一张沙发上，沙祖康坐在中间。沙祖康对汤姆森说：“部长阁下，非常欢迎你到日内瓦来，参加这次卫生大会。我和你们大使是很熟悉的朋友了。这次会议有些问题，我们需要双方共同努力一起比较平稳地把它处理好。我跟大使先生谈过，我们有些谅解……”听到这里，汤姆森不但反悔，而且口吐粗话：“不要搞这个，我不愿意听这Ｂｕｌｌｓｈｉｔ（放牛屁的意思）。”

沙祖康对美国卫生部长使用“Ｂｕｌｌｓｈｉｔ”很是震惊，毫不客气地回敬道：“我原来以为我是世界上最没有教养的人，最没有文化的人，讲话最粗鲁的人，我见了您部长阁下以后，我才充分的认识到原来世界上还有一个人就是你，比我更没有教养，更没有文化，更不文明。哎呀，我感到很宽慰啊，终于你当了第一把手了，世界第一了。”

沙祖康不客气的反唇相讥也让对方很是尴尬。更不客气的是，他继续对美国卫生部长说了之前达成的“谅解”，每说一条，都加一句“ＮｏＢｕｌｌｓｈｉｔ”。之后，扬长而去。

“大概这个部长没见到过我这么横的大使。从那以后，我们成了最要好的朋友。”沙祖康后来回忆说，这位汤姆森先生给他写了一封信，并在当天晚上举行招待会上与他热烈拥抱，而且敲着杯子，要求全体会场静下来，说：“我最要好的朋友沙祖康大使到了。”沙祖康觉得把事情挑明了，“我们的误解就完全消失了。这完全是一个沟通的问题”。

２００４年，陈水扁连任以后公开叫嚣要在两年内加入世界卫生组织。按照沙祖康的话说，“涉台斗争在我的任期内打得十分惨烈”。

为了绕开“一个中国”的原则，台湾当局先后提出以“观察员”、“实体”名义参与，“实质性参与”，“有意义参与”等一系列花招。沙祖康利用会议章程和程序一次一次予以挫败。

更为险恶的是，个别与中国有正常外交关系的国家竟然公开支持台湾以“观察员”身份加入世卫组织，他们的影响力和欺骗性更不容忽视。沙祖康注意到，台湾当局就是要把世卫组织当作突破口，一旦得手，就会将骨牌效应扩散到联合国其他专门机构。面对险境，沙祖康在大会上提出把政治问题和技术问题分开处理。２００４年，中国卫生部长高强提出关于台湾参与卫生组织活动的四点建议。以沙祖康为首的日内瓦代表团与世卫秘书处进行了多轮谈判，双方签订了《谅解备忘录》，确认在“一个中国”的原则下，允许台湾专家以个人名义参与世卫组织的活动。这份备忘录成为今后有效遏制个别国家暗中支持台独的利剑，台湾当局也不得不默认并接受。