APEC是本地区重要的经济合作组织之一，共有五个层次的运作机构。
领导人非正式会议
亚太经济合作组织1989年成立后的最初三年，每年举行部长级会议。1993年11月20日第一届亚太经济合作组织领导人非正式会议在离西雅图市中心8海里的布莱克岛举行，
这是该组织成立以来举行的第一次最高级别会议，大多数成员国派出国家元首或政府首脑出席。中国国家主席江泽民也出席了这一会议。此后，领导人非正式会议每年下半年举行。自1993年起，共举行了七次，分别在美国西雅图、印尼茂物、日本大阪、菲律宾苏比克、加拿大温哥华、马来西亚吉隆坡、新西兰奥克兰。第八次将于2000年11月在文莱举行。第九届领导人非正式会议将于2001年12月在上海举行。
部长会议
APEC的部长会议分为APEC部长级会议和APEC专业部长级会议。 部长级会议实际是“双部长”会，即各成员的外交部长（中国香港和中国台北除外）和经济部长（或者外贸部长、商业部长等）会议，每年的领导人非正式会议前举行。始于1989年11月。
专业部长级会议，是指讨论中小企业、旅游、环保、教育、科技、通信等问题的部长会议。
高官会议
APEC高官会议是APEC的协调机构，每年举行3-4次会议，该会议始于1989年11月。高官会议一般由各成员司局级或大使级官员组成，提出议题，相互交换意见，协调看法，归纳集中，然后提交部长会议讨论。会议主要任务是负责执行领导人和部长会议的决定，并为下次领导人和部长会议做准备。因此，有人把高官会议称为部长会议的“实际工作部门”，高官会对上向部长级会议负责，对下总体协调APEC各委员会和工作组的工作，是APEC的核心机制。
贸易投资委员会
工作领域：关税、非关税措施、服务、投资、标准一致化、海关程序、知识产权、竞争政策、政府采购、放宽管制、原产地规则、争端调解、商务人员流动、乌拉圭回合结果执行、信息收集和分析。
下属机构：市场准入组、服务工作组、投资专家组、标准一致化分委会、海关程序分委会、知识产权专家组、政府采购专家组、争端调解专家组、竞争与放宽管制工作组、商务人员流动专家组、乌拉圭回合结果执行和原产地规则工作组。
经济委员会
工作领域：负责研究、分析APEC区域的经济问题及发展趋势，撰写有关专题报告。其固定出版物为《APEC年度经济展望报告》。
经济技术合作分委会
工作职责：协助高官会协调、管理APEC经济技术合作活动，审议各项活动的进展情况，确定有价值的合作倡议；遵循相互尊重、互利互助、协商一致的原则，与APEC各论坛充分协商；为强化、精简APEC工作提供政策管理知识等。
预算和管理委员会
工作职责：就有关APEC预算、行政和管理等问题向APEC高官提出意见。评估APEC预算结构并提出建议，审议项目申请，草拟APEC年度预算报告，审查APEC预算及预算过程有关的所有问题，研究APEC进程中的管理改革问题。
高官会下设3个政策级专家组和10个专业工作组
1、 政策级专家组
a、中小企业政策组
b、农业技术合作专家组
c、将妇女融入APEC特别工作小组
2、专业工作组
a、人力资源开发工作组
b、产业科技工作组
c、海洋资源保护工作组
d、交通工作组
e、能源工作组
f、旅游工作组
g、渔业工作组
h、电信工作组
i、贸易促进工作组
j、贸易投资数据工作组
秘书处
1993年1月12 日APEC秘书处正式运作，地点在新加坡。秘书处在高官会议指导下负责一些行政、财务及工作组活动等日常事务性工作，同时为APEC各层次的活动提供支持与服务。
http://www.apecsec.org.sg/
除以上五个结构组织外， APEC还有工商咨询理事会和CEO峰会两个组织。
1、 APEC工商咨询理事会（ABAC）
ABAC自1995年起成为APEC的常设机构。其主要任务是对APEC贸易投资自由化、经济技术合作以及创造有利的工商环境提出设想和建议，并向领导人和部长级会议提交咨询报告。
ABAC秘书处暂设在菲律宾马尼拉，经费由各成员缴纳。由当年APEC东道主人ABAC主席。
2、 CEO峰会
APEC工商界领导人峰会（CEO SUMMIT）作为每年APEC领导人非正式会议的组成 部分，与领导人非正式会议同时召开。最近一次会议于1999年9月10日——13日在新西兰奥克兰举行。
APEC其他工作内容
1、 贸易投资自由化
2、 APEC单边行动计划
3、 APEC集体行动计划
4、 APEC部门自愿提前自由化计划
5、 APEC经济技术合作
6、 APEC电子商务行动计划
7、 APEC中小企业行动纲领
8、 APEC商务便利化
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APEC-2001
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