交通运输是国民经济和社会发展的重要基础设施和基础产业，由铁路、公路、水运、民航、管道五种运输方式组成。《建议》要求，“十一五”期间，交通运输要合理布局，做好各种运输方式相互衔接，发挥组合效率和整体优势，形成便捷、通畅、高效、安全的综合交通运输体系。这是“十一五”期间交通运输发展的目标和基本方向。

形成综合交通运输体系。第一，要在整合既有网络基础设施的基础上，统筹规划、合理布局，构建综合交通基础设施网络。第二，要把运输大通道和城市群内快速交通网建设，作为各种交通方式实现有效衔接与协调发展的主要手段和综合交通网络建设的重点。第三，要强化各种交通方式的有效衔接，注重综合交通枢纽的建设。第四，要加强综合交通信息网络建设，促进运输过程一体化。第五，要深化交通运输体制改革，尽快改革交通运输行业条块分割、各自为政的局面。

要充分发挥铁路运输全天候、能力大、运输成本低、通用性好的特点，加快发展铁路、城市轨道交通。要发挥公路运输机动灵活、门到门、辐射性强的特点，进一步完善公路网络。要发挥海运和内河运输投资小、能力大、运输成本低、占地少、能耗低的特点，完善沿海港口布局，加强集装箱、能源和矿石深水码头建设。改善内河通航条件，形成较完善的内河航运体系。要发挥航空运输速度快、受地形限制小的特点，优化民用机场布局，完善三大枢纽机场功能，发展区域航空枢纽中心，继续有序发展支线机场，形成干支交错连接的空中客货运网络。发挥管道运输能力大、占地少、安全性能好、运输成本低的特点，结合石油天然气开发和利用境外资源，加强管道运输建设。