１０月１２日９时３９分，中国载人航天工程总指挥陈炳德宣布：神舟六号载人航天飞行发射成功。

９点４３分，温家宝总理在酒泉卫星发射中心发表重要讲话，他代表党中央、国务院、中央军委讲话，祝贺飞船发射成功，并向参加工程的全体科学技术人员、干部职工、人民解放军指战员表示衷心的祝贺和亲切的慰问。 （全文）

15时55分，北京航天飞控中心发出指令，启动“神舟”六号轨控发动机，对飞船实施了变轨控制。记者看到，飞控大厅大屏幕上的实时三维动画显示，飞船尾部喷出桔黄色的火焰，飞行加速，飞船近地点距离不断抬高，接近圆型。整个变轨过程需要两分钟。飞船变轨从15时54分45秒开始，发动机工作63秒。16时，正在太平洋上的“远望”二号测量船向北京航天飞控中心传来数据，表明变轨取得圆满成功。