80年代末期开始，台湾当局出于政治目的，将两岸农业交流与合作作为其推广和宣传其所谓“台湾经验”的重要举措，采取了一些开放措施。“农委会”还设立了“大陆农业研究小组”，并于1991年3月召开第一次“大陆农业研究小组会议”，提出多项工作任务，包括研究两岸农业交流的近程计划、收集大陆农业信息、研究两岸渔业情况等。1992年，台湾“农委会”提出第一期“两岸农业发展及技术交流计划”（1992－1995）、第二期“两岸农业交流计划”（1996－1998），在具体做法上包括提供小农经验、种原交流、渔业管理与资源维护、农业人员互访、交流学术信息与研究成果等。台湾“科学委员会”还投资800万元新台币进行“大陆农业发展与两岸农业交流之可行性整合研究”。

进入90年代中期后，由于两岸关系的恶化，台湾当局对两岸农业交流与合作趋于保守，官方不再公开提倡两岸农业合作，而是针对大陆制订一系列预警、保护等措施，从而影响到两岸农业交流与合作的深入发展。对台商赴大陆农业投资，则根据其《在大陆地区从事投资或技术合作许可办法》，允许赴大陆投资的“准许类”项目为223项，“禁止类”10项，其余500余项为“专案审查类”，即这些项目要经过审查后才能决定是否可以投资。目前尚有近40%的大陆农产品没有开放进口。同时，台当局为推动“务实外交”，进一步加强与东南亚地区及拉美地区的农业合作，分别制订了“南向政策农业合作方案”与“中南美洲农渔业投资合作计划”，并签署多个协议，试图将台商在农业领域的投资引向东南亚与拉美地区，以遏制台商赴大陆农业投资的势头。

台湾当局对大陆农产品进口采取较为严格的限制政策，岛内需求较大的大陆农产品特别是一些特色农产品无法通过正常转口贸易进口，因而主要通过双方民间海上的“小额贸易”及其他途径进入台湾。台湾当局对以“小额贸易”方式进入岛内的农产品视为走私品，进行限制与查禁，从而影响到两岸农产品贸易的正常发展。

在台湾当局的政策影响下，两岸农副产品贸易的互补优势远没有得到发挥。台湾农副产品进口的主力产品主要是玉米、黄豆等五谷杂粮及棉花等农产品，而这些正是大陆的大宗产品，但台湾当局仍没有完全开放大陆大宗农产品进口，仍从美国等地进口，对大陆这类农产品只是在特定条件下有限进口，以作为市场价格调节的手段，影响大陆农产品的出口。同时，台湾农产品对大陆出口，也不能只限于水果与花卉，而应扩大到其他农产品，特别是台湾农民销售困难的优质大米也可进口。

日前，台湾“农委会”有关负责人表示，目前大陆农产品进口比率已经很高，为保障农民利益，台湾不具竞争力的农产品，不会同意开放大陆农产品进口，短期内也不会有进一步推动开放两岸农业政策。陈水扁表示，赞成台湾农产品销往大陆，但农业技术不可移往大陆，否则农业技术转移大陆，台湾农产品在竞争中会受到冲击。在这种思维与政策下，两岸农业的交流与合作受到很大限制。

中国网2005年3月14日