在加快经济发展的同时，按照经济发展的内在规律，在实践中不断探索不断调整，逐步形成了符合新疆实际的经济结构。尤其是上世纪90年代以来，在经济加快发展的条件下，自治区加快了经济结构调整的步伐。在加强基础产业、基础设施建设的同时，通过发展第二、第三产业，产业结构逐渐趋合理。三次产业结构明显呈现第一产业比重趋降、第二产业比重稳步上升、第三产业比重逐渐提高的新局面。

2004年三次产业的结构由1955年的54．4∶26．1∶19．5、1978年的35．8∶46．9∶17．3，调整优化为20．2∶45．9∶33．9，就业结构变化明显。2004年，三次产业就业人员结构由1978年的72．1∶14．3∶13．6，调整为54．1∶13．2∶32．7。城市化率由1955年的15．1％，1978年的26．1％，提高到2004年的35．2％。

在保证粮食总产稳步增长的基础上，农业不断调整优化，形成了“南棉北粮”的区域化布局。自1990年以来，粮食总产量持续保持在800万吨以上，人均占有粮食保持在440公斤左右，超过了全国平均水平。2004年棉花产量达到175．3万吨，分别是1955年的70倍、1978年的32倍，成为全国最大的优质棉生产基地和农业农村经济发展一时不可替代的支柱产业。特色优势农产品迅猛发展。2004年全区水果种植面积39．62万公顷，水果产量达到264．22万吨，分别是1955年、1978年的20倍和18倍；工业番茄产量达452万吨，加工番茄制品75万吨，占全国番茄制品产量的90％以上，约占世界番茄制品总量的25％，已成为全球番茄种植和加工的三大中心之一。红花资源占全国的50％。酿酒葡萄产业成为亚洲的重要产区。已形成以棉纺、粮油加工、糖业、酒类、优质瓜果、番茄、红花以及奶业、细毛羊等优势农产的产业化经营格局，涌现出新疆屯河、香梨股份、纵横股份、彩棉股份、麦趣尔集团、西域种业等一大批技术先进、实力雄厚的农业产业化龙头企业。

畜牧业占农业的比重由1997年的19．4％，提高到2004年的25．0％。

工业经济结构进一步优化，形成了以石油石化为主导，以纺织、钢铁、有色、建材、食品为支柱，适合新疆特色的工业体系。工业地区布局日趋合理。已逐步形成了以天山北坡为重点，中小城市为支点，铁路和公路沿线为骨干，充分利用当地资源优势，向南北疆依次展开的工业布局体系，促进了区域经济的发展。

多种经济成分共同发展的格局形成。国有与民营工业总产值之比由1989年的82∶18调整为2004年的75∶25。轻重工业的调整是随着产业政策的调整而变化，轻重工业总产值的比例由1989年的47．7∶52．3调整为2004年的15．1∶84．9。