以国企为重点的经济体制改革得到稳步推进。尤其是进入新的世纪以来，自治区在围绕实施优势资源转换战略的过程中，加大了国有企业改革步伐，经济布局的战略性调整和国有企业战略性改组，以及现代企业制度的建立和完善，取得了明显的成效，所有制结构、企业组织结构，以及产业结构、产品结构进一步优化，特色产业不断壮大。集团型企业、公司由多到强，市场适应力明显提高，经济效益不断改善。

国有经济结构日趋合理。2004年同1995年相比，一、二、三产业结构由29．1∶36．7∶34．2调整为20．2∶45．9∶33．9。77％的国有资本集中到了石油石化、电力、钢铁、煤炭等关系国计民生的行业。以番茄制品、松木家具、啤酒花、石材、胡萝卜汁等为代表的特色民营产业，已全面实现了规模经营，在国际国内市场都具有较高知名度。在天山北坡经济带，23家上市公司，成了区域经济发展的龙头。

企业改组成效显著。到2004年，国家企业核销的银行呆坏账累计108．4亿元，冲销其他非银行债务48．2亿元，终结破产了50家企业。劣势企业退出了市场，消除了亏损源，提高了盈利能力。同1996年相比，国有及国有控股工业企业减少63％，总资产增长68％，实现持续5年的盈利目标，2004年盈利达208．5亿元，占全部工业企业盈利额的92％，全员劳动生产率增长9．2倍；企业集团由28家增至76家，年末总资产达1048．69亿元。规模以上的中小型工业企业1407家，为工业企业资产的46．4％，而创造的出口交货值却占了88．0％。97家国有大型工业企业、企业集团中69家母公司和80％以上的中小企业基本完成了公司制改造。全疆12个地州建立了中小企业信用担保机构，累计提供担保资金32亿元。

非公有制经济迅速发展。1980年以来，非公有制经济累计投资1786．77亿元，占同期全社会固定资产投资的23％。在乡及乡以上的非公有制工业企业中，私营企业户数由1996年的82户增加到2004年的1300户，完成工业总产值由1．7亿元增加到2004年的48亿元，年均递增56．5％，高出全部乡及乡以上工业企业总产值年均增速近50个百分点。

现代企业制度普遍建立。对建立了现代企业制度的54家重点企业跟踪监测，已有47家完成了公司制改造，92．6％的企业有明确的出资人，实现了投资主体多元化，其中21家公司上市。

三项制度改革全面深化。以建立管理人员竞聘上岗，职工择优录用，效益激励机制为重点的三项制度改革，进一步转变企业经营机制。目前企业基本上取消了干部终身制，落实了用工自主权、推行了全员劳动合同制度和职工培训制度，实行岗位工资制，工资与经济效益挂钩。企业经营者的激励和约束机制逐步建立。部分国有企业实行了资产经营责任制。一些具备条件的企业实行了年薪制，并允许企业采取形式多样、自主灵活的其他分配形式。随着国企改革的深化，有力地促进了职工思想观念的转变，形成企业优胜劣汰和职工竞争上岗的机制，为进一步深化企业改革奠定了坚实的基础。