该县地处川、鄂两省交界处，长江、清江在崇山峻岭中横贯县境，构成了一道道雄关天险，使其成为扼守西南的门户，沟通长江上中游的水上咽喉，故而自古便是兵家纷争的要冲。

    县境南北狭长，东西短窄，有“八百里巴东”之说，县内群山分别属于大巴山、巫山和武陵山等山系。地势西高东低，南北起伏。由于地处石灰岩发育区域，在大自然的侵蚀和切割等作用下，境内喀斯特地貌发达，形成众多峡谷、石林、伏流、岩洞等景观，著名的神农溪自然风景区就坐落在巴东县境内。

    根据考古资料，该县所处在鄂西、川东地区，是探索人类起源的热点地区之一。县内野三关岩湾就曾发现有“南方古猿”的牙齿化石。史前时期，这里拥有较为繁荣的旧石器和新石器时代的文化。进入历史时期，即相当于中原地区夏、商阶段，这里分布着带有浓厚的地域文化特征，可能属于古代巴人的一种考古学文化类型。据古代文献论述，巴人就起源于清江流域。东周时期，楚人的势力逐步发展到巴东一带，并压迫着巴人向西迁移。楚、秦时期，巴、蜀的影响在这一区域此消彼长。秦夺取这一区域后，设郡置县，巴东一带属南郡巫县地。汉初承秦制。隋开皇十八年（公元598年）改为巴东县（因该县位于古巴郡之东，故名），县名一直沿用至今。

    中华人民共和国成立后，巴东县隶属于恩施地区。1953年恩施地区改建为鄂西土家族苗族自治州，1983年更名为恩施土家族苗族自治州，巴东县归其属。县治今信陵镇。