纪念郑和下西洋600周年航程计划将分两个阶段实施：

第一阶段(2004年7月-2005年7月)：沿“郑和下西洋”航线，于2004年7月在舟山起锚，继发地太仓，途径上海->宁波->泉州->常乐->厦门->广州->香港->澳门->海口->西沙->南沙->越南->柬埔寨->泰国->马来西亚->新加坡->印度尼西亚->印度->斯里兰卡->巴基斯坦->沙特阿拉伯->肯尼亚->上海，于2005年7月前返回上海，参加届时在北京人民大会堂举行的“纪念郑和下西洋六百周年大会”并提供具有丰富文化内涵和鲜活科学考察内容的图文并茂的资料。同时，在“上海世界海洋博览会”搭建以“绿眉毛”仿古帆船为主体的海洋文化平台。

第二阶段(2006年3月-2008年5月)：将于2006年3月再次启程，在延续“海上丝绸之路”的欧洲航线考察后，穿越大西洋、太平洋实施环球航行，途径60多个国家和地区的近百个港口。