由于在现有的世界遗产中，喀斯特的代表性已较充分，在2000年召开的IUCN喀斯特生态系统与世界遗产亚太论坛上，世界自然保护联盟鼓励正在进行的云南石林世界遗产申报项目以“中国南方喀斯特”系列提名的方式，尽快捆绑申报世界自然遗产。在国家建设部的领导、组织和协调下，“中国南方喀斯特”成为中国第一个跨省联合申报的世界自然遗产项目，并从2001年开始，先后在云南石林、贵州兴义、云南昆明、广西桂林等地开展了一系列广泛的国际国内论证。2005年9月，国家建设部决定，“中国南方喀斯特”申报项目的三个片区为云南石林喀斯特、贵州荔波喀斯特和重庆武隆喀斯特，三个片区捆绑申报，可满足世界自然遗产评选的全部四条标准。