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1999年5月8日，以美国为首的北约用5枚导弹从不同角度袭击了中国驻南斯拉夫大使馆，造成中国3名新闻工作者牺牲，20余名外交官受伤，馆舍严重毁坏。同日上午，中国政府发表声明，对这一野蛮行径表示极大的愤慨和严厉谴责，并提出最强烈抗议。
1999年11月15日，中美在北京签署关于中国加入世贸组织的双边协议，从而为中国入世扫清了最大障碍。
2000年9月8日，江泽民主席在参加联合国千年首脑会议时，在纽约同克林顿总统会晤。双方就中美关系以及共同关心的重大国际和地区问题交换了意见。克林顿表示，美国一定会继续奉行一个中国的政策。
2000年10月10日，美国总统克林顿签署对华永久正常贸易关系法案，从而使这项由美国参众两院通过的法案正式成为美国法律。根据这项法案，在中国加入世界贸易组织后，美国将终止按《1974年贸易法》中有关条款对中国“最惠国待遇”（“正常贸易关系”）实行年度审议的做法，与中国建立永久正常贸易关系。
2001年4月1日，一架美国EP～3军用电子侦察机在中国海南岛东南海域上空进行侦察活动，违反飞行规则，将中国军用飞机撞毁。撞机后，肇事美机未经中国方面允许，擅自进入中国领空，并降落在中国海南岛陵水军用机场，严重地侵犯了中国的领土主权。
2001年10月19日，江泽民主席在出席在上海举行的亚太经合组织领导人非正式会议期间，与美国总统布什首次举行会晤。双方就中美关系和反对恐怖主义、维护世界和平与稳定等重大问题深入交换了意见。布什重申美国政府奉行一个中国的政策，遵守中美三个联合公报。
2001年12月27日，美国总统布什签署命令，正式宣布给予中国永久正常贸易关系地位。这项命令于2002年1月1日正式生效。
2002年2月，美国总统布什对中国进行工作访问。
2002年10月，国家主席江泽民对美国进行工作访问。
2005年9月13日，国家主席胡锦涛在纽约出席联合国成立60周年首脑会议前同美国总统布什举行会晤。
2005年11月19日至21日，美国总统布什对中国进行正式访问。访问期间，中美两国元首举行了会谈，双方高度评价两国关系的发展，重申将共同努力，推动中美建设性合作关系取得新成果。
2006年4月18日至21日，国家主席胡锦涛对美国进行国事访问。20日，胡锦涛主席在白宫同美国总统布什举行会谈。双方进行了务实、建设性的会谈，就中美关系和共同关心的重大国际和地区问题深入交换了意见，达成重要共识。
2006年11月，出席亚太经合组织第十四次领导人非正式会议的胡锦涛主席在越南首都河内会见美国总统布什。
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