1985年，国务院批转了卫生部1984年8月起草的《关于卫生工作改革若干政策问题的报告》，其中提出：“必须进行改革，放宽政策，简政放权，多方集资，开阔发展卫生事业的路子，把卫生工作搞好。”由此，中国的全面医改正式启动。这一时期医改的基本思路是“放权让利，扩大医院自主权，放开搞活，提高医院的效率和效益”，基本做法则是“只给政策不给钱”。

    这样的改革，在一定时期内当然会先显现出成效,不过，在成效初显的同时，这个时期医改的一些问题也开始暴露出来。当时最严重的是三个问题：一是由于实行“放权让利”的财政包干制，政府财政收支占GDP比重急剧下降，结果导致公共卫生支出占GDP的比重也一路下滑，政府对公共卫生的投入严重不足。二是基层、特别是农村医疗卫生防疫网加速破败，这严重影响到广大农民的健康保障。三是卫生医疗部门的行业作风开始变坏。由于过分强调自主经营、自负盈亏，医疗机构开始以利润最大化为目标。结果，名医生走穴、药方里开出电饭煲等一系列医疗乱象开始出现。

    1989年国务院批转卫生部《关于扩大医疗卫生服务有关问题的意见》，医改在争议中继续前行。