按照科技部公布的制造业企业行业分类标准，结合全国民营企业创新现状，通过对中国社会科学院民营经济研究中心2006年中国制造业民营企业自主创新能力样本企业技术创新主导模式进行分类和研究，可以发现，中国民营企业在自主创新方面主要有如下几个突出特点。

(一)区域创新差距明显、省市之间发展不均衡

调查表明，目前中国民营企业创新具有十分明显的区域发展差异，呈现东强西弱特征。对此，可用民营企业申请专利数量加以说明。例如，到2004年底，规模以上民营工业企业中的有限责任公司共申请专利15415项。其中，东部地区11397项，占全部专利数的74%；中部和西部分别为2380项和1638项，各占全部专利数的15.4%和10.6%。显然，东部地区民营工业企业的科技创新活动远比中西部地区活跃，专利创新活动占全国的七成以上，成为中国民营企业技术创新活动的主要地区。

具体分析，东、中、西等区域内各省市之间、区域外省市之间民营企业的创新差别也是十分悬殊的。例如，在东部地区，专利申请位居前五名的省市分别为广东省（3721项）、浙江省（1909项）、山东省（1855项）、江苏省（1317项）、上海市（933项），第1位的广东省是第5位上海市的4倍多；在中部地区，位居前四位的分别是安徽省（574项）、河南省（451项）、河北省（338项）、湖北省（286项），安徽是湖北的2倍；而从全国角度看，各省市之间的差距更加明显，最高省份（广东省3721项）与最低省份（海南省9项）相比相差高达413倍。

除了在专利申请总量上存在较大差异外，各省市自治区专利申请结构也千差万别。在15415项专利申请中，发明专利数为5700项，占全部专利申请数量的37%，不到四成。其中，东部地区达到4583项，占全部发明专利申请数量的80%，占本地区专利申请数量的40%；中部、西部分别为671项和446项，占全部发明专利申请数量的11%和9%，占本地区专利申请数量的28%和27%。可见，东部地区除了在专利申请总量上占有优势外，在发明专利申请上的优势也很明显。此外，东部地区自身的专利申请结构（40%的发明专利比重）也要远远好于中部（28%）和西部（27%）。

（二）原始创新倾向大于引进模仿再创新和集成创新

2006年中国社会科学院民营经济研究中心对北京、重庆、辽宁、浙江、广东、云南、河北、吉林、江苏、湖北等10个省市的通讯化工、医药、造纸、金属制品、设备制造、化工等20多个行业的822家民营企业进行了自主创新能力调查，建立了2006年中国制造业民营企业自主创新能力数据库在822家企业中，有1个以上专利的企业275家。在275家有专利企业中，数据完整，能够计算出自主创新能力指数的企业有105家。我们据此建立了中国社会科学院民营经济研究中心2006年中国制造业民营企业自主创新能力指数105家数据库。。经筛选和整理，剔除商贸、房地产、服务业等个别非制造业企业后，完整填列“创新模式选择”调查项的样本企业共计767家。

在767家样本企业中，有378家企业填写的主导技术创新模式为原始性创新，占企业总数的49%；有299家企业填写的主导技术创新模式是引进、模仿再创新，占39%；有65家企业填写的主导技术创新模式是集成创新，占8%；选择其他创新模式的为25家，占3%。