唐代200多年间，先后有高宗、武后、中宗、肃宗、德宗、宪宗、懿宗和僖宗八位皇帝六迎二送供养佛指舍利。每次迎送声势浩大，朝野轰动，皇帝顶礼膜拜，等级之高，绝无仅有。据史载 “三十年一开，则岁丰人和”，可干戈平息，国泰民安，风调雨顺。咸通十五年（874）正月四日，唐僖宗李儇最后一次送还佛骨时，按照佛教仪轨，将佛指舍利及数千件稀世珍宝一同封入塔下地宫，用唐密曼荼罗结坛供养。唐代诸帝笃信佛法，对舍利虔诚供养，寺院大小乘并弘，显密圆融，使法门寺成为皇家寺院及举世仰望的佛教圣地。佛塔被誉为“护国真身宝塔”。

宋代法门寺承袭了唐代皇家寺院之宏阔气势，被恢复到最大规模，当时仅二十四院之一的“浴室院”即可日浴千人。宋徽宗曾手书“皇帝佛国”四字于山门之上。金元之际，法门寺仍是关中名刹，“藏经碑”中有寺僧抄写大藏经5000卷之记载。金人也刻“诗碑”盛赞其寺塔：“三级风檐压鲁地，九盘轮相壮秦川”。明清以后，法门寺逐渐衰落。明隆庆三年（1569），历经数百年历史的唐代四级木塔崩塌。明神宗万历七年（1579），地方绅士杨禹臣、党万良等捐资修塔，历时30年建成八棱十三级砖塔，高四十七米，极为壮观。清顺治十一年（1654）因地震塔体倾斜裂缝。民国二十八年（1939）在爱国志士朱子桥先生的主持下，完成了晚明以来最大规模的维修。文革期间，红卫兵欲挖地开塔，良卿法师点火自焚，用自己的生命保护了塔下珍宝。