２００６年３月１５日，第６０届联合国大会以１７０票赞成、４票反对、３票弃权的表决结果通过一项决议，决定设立共有４７个席位的人权理事会，以取代总部设在瑞士日内瓦的人权委员会。美国、以色列、马绍尔群岛和帕劳投了反对票，委内瑞拉、伊朗和白俄罗斯在表决中弃权。联大共有１９１个成员国，但７个成员国因拖欠联合国会费被取消了表决权，另有几个成员国未参加投票。

决议规定，人权理事会是联大的下属机构，联大将在５年后对该理事会的地位进行审查。人权理事会的４７个席位按公平地域原则分配。其中，亚洲和非洲各占１３席，拉美及加勒比地区占８席，西欧（包括北美及大洋洲发达国家）和东欧各占７席和６席。人权理事会的总部也设在瑞士日内瓦。

决议还规定，人权理事会成员由联大秘密投票产生，候选国必须获得联大全体成员国的过半数支持（即至少９６票）方能当选。在选举理事会成员时，联大应考虑候选国在促进和保护人权方面所作的贡献，及其在这些方面自愿作出的承诺。如同一地区获得联大过半数支持的候选国超过了该地区的席位总数，则按得票多寡分配席位。理事会成员每届任期３年，连续２任后须间隔１年方可寻求新任期。联大每年改选三分之一左右的成员。经三分之二成员国同意，联大可中止严重违反人权国家的人权理事会成员国资格。联合国经济和社会理事会将于２００６年６月１６日废除人权委员会，人权理事会将于６月１９日举行首次会议。

联大主席埃利亚松原本希望以协商一致方式通过这项人权理事会决议案，但对该决议案持反对态度的美国坚持要求对这项决议案进行表决。按照惯例，在涉及联合国改革等重大议题时，联大通常以协商一致方式通过相关决议。美国是安理会常任理事国，但在联大不具否决权。

２００６年４月，美国国务院发言人麦科马克在新闻发布会上说，美国将不参加定于５月９日举行的联合国人权理事会成员的竞选。５月，第６０届联合国大会选举出人权理事会的首届４７个成员，其中包括中国、法国、俄罗斯和英国４个联合国安理会常任理事国。南非等１４名成员的任期为１年，巴基斯坦等１５名成员的任期为２年，中国、俄罗斯、德国等１８名成员的任期为３年。