据台湾媒体报道，马英九执政团队首任“国防部长”爆出黑马，将由前台湾“空军总司令”陈肇敏出任。据台军方人士分析，陈肇敏的人格特质和过往经历，刚好和马英九的用人理念及新执政团队的施政需求切合，这是陈肇敏最后能够出线的重要原因。

陈肇敏于台湾空军1962年班驱逐科毕业。1998到2002年担任台湾“空军总司令”，之后转任台“国防部副部长”，2004年陈水扁连任后请辞。

报道说，由期别比现任台军“参谋总长”霍守业高五期的陈肇敏接任“国防部长”，台军军中人事异动的幅度将会最小，也绝对“制得住”军方。“他看部属私德比什么都重要”，一名陈肇敏的旧部这样形容他。据指出，陈肇敏在台湾“空军总司令” 任内，除掉不少能力很强的军官，原因都是私德问题。

至于在配合马英九推动两岸谈判的政策上，过去陈肇敏在2003年赴美参加美台高峰防务工业会议时，当时就曾向美方提出台湾希望与大陆建立两岸军事互信机制的构想，政策思维符合马英九执政团队的方向。