灾区卫生条件差，特别是饮用水的卫生难以得到保障，首先要预防的是肠道传染病，如霍乱、伤寒、痢疾、甲型肝炎等。

另外，人畜共患疾病和自然疫源性疾病也是洪涝期间极易发生的，如鼠媒传染病：钩端螺旋体病、流行性出血热；

寄生虫病：血吸虫病；

虫媒传染病：疟疾、流行性乙型脑炎、登革热等。

灾害期间还常见皮肤病：浸渍性皮炎(民间又称“烂脚丫”“烂裤裆”)、虫咬性皮炎、尾蚴性皮炎；

灾害中还易发生意外伤害：溺水、触电、中暑、外伤、毒虫咬螫伤、毒蛇咬伤、食物中毒、农药中毒等。