2006年，陈水扁因家人、亲信弊案不断而深陷政治危机，为了防止台军在“倒扁”浪潮中“哗变”，通过人事调整、政治灌输、组织监控等方式进一步强化了对台军控制。同时，台军全力推动以第二阶段“精进案”为重点的军事改革，加紧整军备战，更新武器装备，强化台美日军事合作，各项建设取得一定进展，综合战力有所提升。但是，由于“军购案”至今未通过，且军中弊案、事故丑闻频传，台军亦遭受较大打击。

一、陈水扁通过人事调整、政治灌输等手段加紧控制台军，力求将台军打造成“拒统谋独”、“护扁保扁”的工具。

在人事调整方面：2006年以来，陈水扁继续对台军高层人事进行调整，将众多亲扁、台籍将领安插到要害部门，以期全面掌控军权，借机加紧落实“军权本土化”，加速打造“扁家军”。2月份，陈水扁以配合落实“国防二法”及三军总部降阶为由大幅调整军方人事，陆海空三军（总）“司令”及（总）“政战局长”、高阶政战主管同时异动。在这波台军有史以来最大规模的高层人事调整中，总共有13名上将异动，9名就任新职。新任“军政副部长”柯承亨、三军“司令”胡镇埔、林镇夷、沈国祯以及“联勤司令”季麟连等人都是陈水扁的亲信，被称为“扁家军”将领。如胡镇埔，当初就是靠着“夫人外交”与阿扁夫妇搭上关系，近年内连续跨越“金防部副司令”、“陆军六军团司令”、“国防部常务次长”、“总政战局长”、“陆军司令”，提拔速度十分惊人。6月26日，台军举行2006年下半年将官晋任暨授阶典礼，共计有邱国正等13名少将晋任中将，王天宇等45名上校晋任少将。12月26日，“国防部”军事发言人室再度宣布，林于豹等5名少将晋任中将，毛惠民等38名上校晋任少将。

在政治灌输方面：今年以来陈水扁继续对台军进行政治灌输，在军中大搞“去中国化”。3月份，陈水扁当局授意台军修改传唱了80多年的台陆军军官学校（即原黄埔军校）校歌；“总统府”还直接命令 “国防部”拆除军营中所有蒋中正、蒋经国的铜像；“海岸巡防署”的300多艘舰艇的艇身英文名称，逐一从“R.O.C. COAST GUARD”( “中华民国海岸巡防队”)改成“R.O.C. TAIWAN COAST GUARD”(“中华民国台湾海岸巡防队”)，等等。

今年岛内掀起“倒扁”运动以来，陈水扁进一步加强对台军控制：一是陈水扁本人及台军高层，利用各种场合宣扬所谓“军队国家化”，要求官兵严守“政治中立”；二是授意台军加大“拥扁”宣传教育力度，降低“倒扁”浪潮对台军军心的冲击。

在组织监控方面：为了维护军队稳定，台军长期以来建立了一套严密的“保防”监视制度，在旅团一级还专门设立了由“政战局”派出的“保防官”。2006年以来，面对岛内一浪高过一浪的“倒扁”浪潮，台军更是进一步采取了一系列防范措施：一是牢牢控制指挥、情报等要害部门；二是对 “思想偏激、言行不轨”的官兵进行布控；三是借助金钱物资引诱稳定军心。

二、按“军事转型”具体需要和第二阶段“精进案”规划，进一步调整、改革“国防组织”、兵力结构及兵役制度。

2006年以来，台军结合“国防转型”需要、未来建军规划及“国防二法”运作情况，持续推进第二阶段“精进案”，进一步调整“国防组织”、兵力结构及改革兵役制度。

在“国防组织”调整方面:自2002年3月1日“国防二法”施行后，台军开始朝“文人领军”、“军政军令一元化”方向发展，逐渐实现“军政、军令、军备”组织体系专业分工。2006年以来,台军继续对“国防组织”进行调整，在“专业分工、功能整合”前提下，朝“军政体系支持军令、军备体系之运作”，“军令体系规划联合作战需求和专业用兵指挥”，“军备体系提供军政、军令体系之需求”方向调整，进一步落实“专业分工、权责相副”的“国防体制”。依据第二阶段“精进案”规划，未来台军联合作战机制，平时、战时均由“参谋本部”负责，不会再另编成一套架构。

在“兵力结构”调整方面：台军根据“精进案”第二阶段规划，结合台湾本岛地理和战略环境，各军种兵力结构维持现行联兵旅、舰队及联队的编组架构，指挥层级则结合任务、功能、权责调整进行相应简并或裁撤。自2006年1月1日起，台陆海空三军“总司令部”调整为“司令部”。由于各军“总部”改编为“司令部”，台军各“署”均改编为“处”，台军未来不再有“署”的编制；“总政治作战局”则改编为“政治作战局”，监察处移编“国防部”督察室，安全处移至“参谋本部”情报次长室；外岛金门、马祖、澎湖三个防卫“司令部”及本岛花东“防卫司令部”降为指挥部，仅保留第六、第八、第十这3个军团“司令部”；空军则成立“防空防炮司令部”，“国防部飞弹司令部”的防空飞弹部队移拨空军；“国防部”增设“资电司”，负责信息战、电子战与通信政策。根据第二阶段“精进案”规划，未来台军“后勤体制”、“政战组织”、“军事院校”和“军事检审机构”将会继续进行较大调整。

在兵役制度改革方面：台军则依据“精减常备、广储后备、强化动员、保持战力”建军理念，以及“常、后分立”原则，朝向以“募兵为主”的“征募并行制”发展，对“兵役法”及“志愿士兵服役条例”条文进行修订。2006年1月1日，台新“兵役法”正式实施，义务役官士兵服役役期缩短至16个月，义务役官士兵除役年龄降至35岁；在“后备军人训练时间”方面，士兵每次训练增加1天，调整为3天半，干部仍维持现行3天半至5天半。

三、加紧构建“环岛防御”战略，极力落实“决战境外”构想。

2006年以来，台军不仅加紧构建“环岛防御”战略，而且极力落实“决战境外”构想，军事冒险性明显增强。

构建“环岛防御”战略

随着现代作战样式和战争理念的改变，“全台防御”（即“环岛防御”）逐渐成为台军新的指导方针，台军对台岛东部防卫也随之日渐加强。近年来，台陆海空三军均在加强在东部海岸的兵力部署和阵地建设，台军还在加紧建设台湾东部地区的铁路、公路，以便战时能从北、中、南三个方向向东部地区紧急调兵。2006年以来，台军加强台岛东部防御、构建“环岛防御”战略的动作更加频繁：比如规划在“陆军花东防卫司令部”辖下的两个守备旅各增编一个反装甲连，并将配备新型的拖式2B(TOW-2B)型反装甲导弹；对代号为“天蝎星”的“地空通信反制计划”进行测试评估；对地面雷达站反制无人机和反辐射导弹攻击的能力进行测试等。

特别是，台湾军方经“汉光22号”演习计算机兵棋推演后认为，台湾西部军用机场在台海战争爆发后48小时内便可能全数遭大陆导弹摧毁。因此，台空军已计划在战时将半数战机东移至花莲和台东两个东部基地，2007年度开始还将花费近10亿元新台币将东部机场跑道从目前3条扩增到6条。综合台军近年来一系列部署调整情况分析，台空军主力东移显然是要在战争初期保存实力、拖延时间，为美日介入赢得时间。

落实“决战境外”构想

陈水扁的“决战境外”战略构想自2003年提出后一直是纸上谈兵，但是进入2006年以来却突然动作频频。5月，台媒披露，台军正在离大陆仅约60公里的东引岛配置“雄风二型”导弹，这是台湾首次在这个最北端的小岛配置反舰导弹。该型导弹射程达150公里，一旦完成部署，可有效扼制大陆闽江口，台湾将占有制海军事优势。

5月以来，原本担任空防的IDF战机也多次在澎湖、台东模拟对大陆沿海地区空地攻击演练。同时，台军对外透露，“中科院”研制多年的“天剑2A型”反辐射导弹（俗称“万剑弹”）在九鹏导弹基地试射成功，战时部署在IDF、F16等战机上，能对大陆东南沿海军事基地产生吓阻效果，达到“决战境外”目的。

8月，台军在公布的新版“国防报告书”中，首次公开表明将在“参谋本部”下设“飞弹指挥部”，建立“特种飞弹”作战力量。

当前，台军正在进行一系列的改革和调整，并通过研制和购买先进武器，不断提升作战实力。结合计划向美购买更为先进的战机，以及频繁演练袭扰大陆，均说明台军正在加紧落实陈水扁“决战境外”构想，军事冒险性明显增强。