2006年岛内政局主要围绕“倒扁”运动与北高市长选举展开。蓝绿对抗加剧，但“北蓝南绿”格局未变；民进党内部矛盾激化，陈水扁执政危机深化；国民党上升势头受挫，马英九光环受损；亲民党、“台联党”加速泡沫化，两党政治更加明显；“台独”势力加紧推动“公投制宪”，两岸和平稳定受到威胁。

一、“倒扁”声中保住权位，但陈水扁执政危机继续深化

随着“台开案”、“SOGO礼券案”、“国务机要费案”逐渐被揭露，陈水扁身边的“近臣”、女婿、妻子一一牵涉其中，其本人也被检调机关列为“弊案共犯”， 岛内民怨持续沸腾，“倒扁”运动此起彼伏。尽管陈水扁屡次成功保位，但其执政危机进一步深化。

“倒扁”运动此起彼伏，可分为四个阶段：

第一阶段是泛蓝阵营的“倒扁”运动。国亲两党相继举办了“全民呛扁”与“清廉保台”等群众抗议活动，并在“立法院”针对陈水扁三度提出“罢免案”。

第二阶段是亲绿学者接力“倒扁”。80名亲绿学者于7月发表“民主政治和台湾认同的道德危机”的联署声明，抨击陈水扁“不知反省，为了保住权力，不惜绑架民进党，操弄族群对立”，呼吁民众“支持联署，逼陈水扁下台”。

第三阶段是施明德发起“百万人民反贪腐倒扁静坐运动”。随着“国务机要费”风暴不断扩大，前民进党主席施明德于8月9日致函陈水扁，促扁认错下台，并于9月发起“百万人反贪腐倒扁静坐运动”，先后组织了9月15日“荧光围城”与10月10日“天下围攻”等声势浩大的游行，参与群众高达数十万人。

第四阶段是司法调查掀起新的“倒扁”高潮。11月3日“国务机要费案”侦结，吴淑珍涉嫌贪污及伪造文书罪被起诉；陈水扁同列“共犯”，但因享有“刑事豁免权”而将待罢免或卸任后再行追诉。起诉书中关于陈水扁夫妇贪污的证据确凿，再次引起绿营内部对陈水扁的不满。前“中央研究院院长”李远哲等相继发表声明，呼吁陈水扁“慎重考虑去留问题”。随后民进党重量级“立委”林浊水、李文忠同时宣布请辞“立委”职务，表达对陈水扁及民进党中央处置“国务机要费案”的不满。陈水扁的子弟兵罗文嘉更在海外发表批扁言论。

但是，由于体制内通过“罢免案”难度较大、美国没有弃扁、陈水扁绑架了民进党、民进党四大天王各怀鬼胎特别是游锡堃操纵党机器力保等原因，陈水扁并没有被赶下台。而北高市长选举后，民进党保住了高雄执政权，暂时找到停损点，党内要求反省检讨的力量失去了着眼点。虽然保住了权位，但陈水扁执政危机继续深化，而且连带把民进党也拖下了水。

二、陈水扁加紧推动“公投制宪”，“台独”气焰嚣张

去年“三合一”败选后，陈水扁权力基础岌岌可危，个人声望降到谷底，年内的“倒扁”风暴更加深了陈水扁的执政困境。为凸现其权力正当性及政治影响力，也为卸任后能与李登辉争夺“台独教父”的地位，陈水扁急步倒向“台独”基本教义派，妄图在“法理台独”上取得突破。

陈水扁加紧推动“公投制宪”动作频频，一是明定“宪改”时间表，期许“2006年诞生民间版台湾新‘宪法’，2007年举办‘新宪公投’，2008年为台湾催生一部合时、合身、合用的新‘宪法’”；二是终止“国统会”运作及“国统纲领”适用；三是提出更改“领土范围”，炒作“第二共和”；四是提出“以台湾名义加入联合国”；五是主张“修宪”生活化，提出制订“原住民专章”等，提高民众兴趣。

但是陈水扁加紧推动“公投制宪”的行为，仍然受到多方因素制约：首先，岛内民意以维持现状为主流，民众谋求和平与发展的愿望强烈；其次，国民党增强了反对“台独”、“修宪”的信心；再次，大陆 “遏独”实力增强。另外，美国也加紧了对陈水扁推动“台独”的监管。

不过， “台独”势力活动依然猖獗。主要表现在：

一是台当局“去中国化”动作频频。3月19日继修改陆军军歌后，台“国防部”开始拆除所有军事营区内的蒋介石、蒋经国铜像。5月20日，台当局抛出所谓“国家安全报告”，纳入陈水扁的“中国民国三段论”和“中华民国四阶段论”，称现阶段为“中华民国是台湾”。9月6日，台当局还将已使用28年之久的“中正机场”改名为“台湾桃园国际机场”，并成立专业小组继续推动“中钢、中油、华航”等中字辈企业的“正名”运动。10月25日，“行政院”通过首例“去中国化”法律修正案，删除了现行“民法总则”及“施行法”中有关“服从中国法律义务”等字眼。

二是民进党、“台联党”急于推动“制宪”。2月“台联党”“立院党团”召开第一次“制宪咨询委员会议”，决定在全台湾“举行制宪会议”，加快拟定“台联党”版“台湾新宪法草案”。民进党随后也提出“修改基本纲领”的“台独”“宪改”版本。该版本在美国压力下夭折后，民进党又提出以“第二共和”为“宪改”基本架构，冻结现有“宪法”，并称“台湾为民有、民治、民享之民主共和国，国号为中华民国”。

三是“台独”力量逐渐整合。为保卫2008年“本土政权”，“台独”势力以“北社”、“南社”、“东社”等“台独”组织为基础，串联多个海外“台独”社团，成立新的“台独”组织联盟“台湾社”，李登辉任“荣誉总社长”。

三、蓝绿对抗继续加剧，两党政治格局进一步明朗

2006年，蓝绿对抗僵局继续恶化，但“北蓝南绿”格局未变；两党政治格局更加明显，第三势力空间进一步萎缩。

（一）“立法院”是蓝绿恶斗主战场。年内，蓝绿两大阵营在“立法院”中就“军购案”、“党产条例草案”、“检察总长任命案”、“监委人事案”及“罢免案”等展开激烈对抗。其中“军购案”和“党产条例草案”是双方攻防重点：国亲联手60余次封杀“军购案”；绿营则全力推动“不当党产处理条例”。

（二）“北蓝南绿”格局未变。此次北高市长选举的结果会直接影响蓝绿在2007年“立委”选举和2008年“总统”选举的提前布局，因此双方全力以赴，国民党提出“保北冲高”，民进党提出“力守高雄”，但选举结果仍维持“北蓝南绿”的格局。

（三）两党政治步伐加快，第三势力空间被压缩。一是亲民党、“台联党”加速泡沫化。亲民党主席宋楚瑜在台北市长选举中的得票率仅为4.14%，亲民党在北高两市的议员席次也分别下降了6席和3席。“台联党”高雄市长候选人罗志明的得票率也不足1%，议员席次虽在台北市获得2席，但在“泛绿大本营”高雄市却猛降4席。二是第三势力空间进一步被压缩。自6月宣称代表弱势阶层的“公平正义联盟”（泛紫联盟）宣布解散，到“倒扁”运动蓬勃兴起时的“吕王结盟”传闻，再到北高市长选举中宋楚瑜与罗志明在“弃保效应”下的惨败，第三势力空间不断萎缩。