一月

1日，台湾新兵役制度正式实施，包括兵役役期缩短为1年4个月、年满19岁役男可提早1年入营服役等。

同日，从该日起，全台10个空军警卫营依据台军“精进案”第二阶段规划，陆续移编宪兵部队，改编为10个宪兵营。空军警卫部队移编后将结合地区宪兵队，确保机场平、战时安全。

3日，“三项重大军购案”在“立法院程序委员会”第44度遭到搁置。

同日 “立法院”三读通过“陆海空军服制条例”，原“陆军服制条例”、“海军服制条例”、“空军服制条例”同时废止。

同日，有台军人士向媒体爆料，由于台军新兵役制度实施，提前退伍的士兵高达2万人，而志愿役士兵多数还在训练期，台军部分部队已出现勤务难调配情况，致使军官得去站岗放哨。

4日，“国防部副部长”蔡明宪由主持中正预校校长任职交接典礼，原任校长洪廷举少将，调任“国防部参谋本部”人事次长室助理次长，新任校长由“国防部”人力司军事教育处处长夏玉人少将接任。

同日，政战学校“国防语文中心”举行移编编成典礼，改隶“国防部参谋本部”，此举表明台军对外语人才培育的重视。

5日，台湾军方权威管道透露，台军之所以决定在南海太平岛建机场跑道，主要是基于战略考虑，以因应将来国际间有关南海谈判。为此，“国防部”还在南海海域规划两个潜舰“伏击区”，以备用兵不时之需。

6日，政治作战学校举行建校54周校庆，一名该校校友突然冲下观礼台，企图去抢台军“政战局长”胡镇埔的帽子，但被在场安全人员阻止并架走。该名自称吴觉民的男子被带走时，还不断高声呼喊：“可耻政党！全民刺扁！”

11日，台军澎防部用于兵棋推演的手提电脑失窃。

12日，“立法院”审查2006年度“中央政府总预算”，台军“三项重大军购案预算”配合款112.3亿元新台币全数遭到删除。

同日，“国防部政治作战局”文宣政教处副处长闻振国上校在“立法院”表示，现行台军各官校校歌有许多地方不合时宜，“国防部”已经要求各官校与军种，针对不合时宜的军歌做一些修订。

13日，陈水扁在接见亚太议联（APPU）日本国会议员访问团时表示，美日安保对话将台海纳入“安保”范围，是美日台三方共同利益所在，台湾与日本虽无正式“外交”关系，但双方可透过建立准军事同盟，进一步提升台日实质关系。

14日，岛内媒体报道，台军计划在2010年前淘汰服役超过30年的美制F5E战机，而据“国防部”人士指出，根据美方建议，台已在2005年10月的“台美空军会议”上提出斥资600亿元新台币购买44架F16C/DBlock52战机。

15日，空军通信航管信息联队举行成立59周年队庆活动。

16日，宪兵司令部在忠贞营区举行74周年庆。

19日，“国防部”在“2006年春节媒体军事记者联谊餐会”前，特别举行大陆军力情资说明会，首度公布20幅大陆卫星侦照图，说明大陆陆军二炮部队、空军重要基地、海军主要舰队基地以及各大军区所设置的“战术训练基地”，希望民众支持“军购案”。

20日，“立法院”三读通过“陆海空军服制条例”修正案，将过去未纳入规定的宪兵、海军陆战队制服一并纳入规定，建立台军统一完整的三军服制体系。

23日，“国安会副秘书长”柯承亨转任“国防部副部长”，“国安局副局长”王进旺转任“海巡署长”。

24日，台军自行研制、自行测试的第一套“Ｔ９１步枪射击训练辅助仿真系统”在陆军步兵学校正式启用。

同日，台空军第四○一联队士官长李明儒一家4人，因债务问题在军中宿舍打开煤气自杀而被送往医院急救。

25日，为强化基层心辅工作，防杜意外事件，金防部心卫中心举办心理卫生专题讲座。