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1月
1日，陈水扁在元旦讲话中称，台湾未来将以“积极管理、有效开放”代替“积极开放、有效管理”，“作为未来两岸经贸政策的新思维、新作为”；希望2006年产生民间版的“台湾新宪法”草案，并在社会条件成熟的情况下于2007年举办“新宪公投”。
5日，国民党主席马英九在接受媒体访问时表示，“台独”不是国民党的选项，“法理台独”是破坏两岸现状，国民党将加速推动两岸直航，若当局仍拒不开放，将发动“直航公投”，“修宪”暂时没有必要。
6日，国台办宣布大陆已确定一对赠台大熊猫。国台办发言人还表示，台当局领导人重提“宪改时间表”，不断鼓吹“台独”言论，表明“台独”分裂势力加紧通过“宪改”进行“法理台独”活动的冒险性、危险性又在上升。
7日，民进党“新潮流系”青壮年成员筹组“两岸政经学会”，宗旨是促进两岸交流。
19日，台“陆委会”宣布，在1月20日至2月13日期间扩大实施金马“小三通”项目，金马旅台乡亲无需以组团方式，即可直接经由“小三通”出入大陆。
20日，2006年两岸春节包机正式启航。“行政院长”谢长廷表示，开放大陆居民赴台观光等对促进台湾观光以及增加民众收入有利，因此他支持两岸有条件开放直航。
21日，国民党政策会执行长曾永权、大陆事务部主任张荣恭等人举办记者会表示，继两岸春节包机后，国民党将推动“两岸客货包机周末化、常态化及开放大陆民众赴台观光事宜”。
26日，台“立法院长”王金平接受“美国之音”专访表示，为两岸和平做出贡献是自己的最大愿望，“乐意担任两岸特使”。
29日，陈水扁在春节谈话中提出三大诉求，宣称将“严肃思考废除国统会、国统纲领”，“认真思考以台湾之名申请加入联合国”，“期盼今年民间版的新宪法草稿诞生”，明年举办“新宪公投”。
30日，美国务院发表声明指出，“美国政府不支持台湾独立，反对任何一方单方面改变现状”，陈水扁关于“以台湾名义申请加入联合国”的讲话是片面改变现状的行动。
2月
4日，台“立法院长”王金平表示，“国统会、国统纲领是两岸的两大支柱，不能随意拿掉”。
5日，李登辉称，“台联党”应大力支持陈水扁“废除国统纲领、国统会”等谈话，李呼吁陈水扁“勇敢地做，不要退缩”。
7日，2006年两岸春节包机圆满结束。
9日，美方官员指出，尽管陈水扁抛出“废统论”后美台不断沟通，但美方仍不能接受台北方面的后续解释，布什政府仍在等陈水扁方面的“再保证”（“四不一没有”）。
14日，在英国访问的马英九发表讲话指出，若国民党赢得2008年“总统”选举，将尝试恢复两岸间以“九二共识”为基础的政治对话，协商出一个可行的和平协议。
15日，民进党主席游锡堃宣称，民进党对“修宪”议题没有预设立场，“国号”、“国旗”与“领土”等议题都可纳入“修宪”的范围。
27日，陈水扁召开“国安会议”作成决议：“国家统一委员会”终止运作，不再编列预算，原负责业务人员归建；“国家统一纲领”终止适用，并依程序送交“行政院”查照。
3月
2日，美国务院发表声明，要求陈水扁“必须毫不含糊地确认‘国统会’并未废除”。
3日，陈水扁接受日本《读卖新闻》访问时表示，“只要台湾社会条件够成熟，人民支持、‘国会’同意，催生一部合时合身合用的‘新宪法’、在明年举行‘新宪公投’不是不可能”。
5日，国务院总理温家宝在政府工作报告中指出，两岸关系朝着和平稳定、互利共赢方向发展是人心所向，任何人妄图破坏这种大趋势是注定要失败的；我们将继续和台湾同胞一道，促进两岸人员往来和经济、科技、文化交流与合作，构建和平稳定的两岸关系。
6日，台“行政院长”苏贞昌称，“台湾绝非中国的一部分，统一并非唯一选项”。
9日，台“行政院内政部”决议将3月14日订为“反侵略日”，以煽动民众对大陆的敌意。
18日，“台独”团结“民主和平护台湾大联盟”举办“护民主、反吞并”游行。
20日，民进党“立委”李俊毅提案要求以派系名义在7月的党代会上提出“中国政策决议文”，开放两岸经贸。
21日，陈水扁会见美国“在台协会台北办事处长”杨苏棣时称，不会改变对于美国政府、特别是对布什总统所做的承诺，“今后不可能再发生所谓的任何意外”。
22日，台“行政院”公布两岸经贸“积极管理、有效开放”的配套机制方案，在人员往来、农业、经济和金融四个领域加强对两岸经贸的管制和限制。
马英九访问美国，在哈佛大学发表演讲，提出发展两岸关系的“五要”主张：要促进两岸在“九二共识”基础上尽速恢复平等协商；要促进两岸终止敌对状态、达成和平协议；要促进两岸经济全面交流，建立两岸经济合作机制，实现全面、直接与双向“三通”，推动建立两岸共同市场；要发展台湾国际参与的“暂行架构”；要加强两岸文化、教育交流。
23日，民进党主席游锡堃宣称，党将在4月开始检讨党内“新宪法”草案，6月决定草案内容，草案中对“国名”、“领土”、“国旗”、“国歌”的变更等问题不会预设前提。
30日，台“行政院农委会”决议拒绝大熊猫入台。
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