侦办机要费的台特侦组目前正加快侦查步骤，倾向将新查获的事实追加起诉，并案由承审的台北地院合议庭审理。因此特侦组起诉吴淑珍、陈镇慧等人的新犯罪事实部分，法院将另行召开准备庭。

据台湾《中国时报》报道，承审机要费的合议庭，日前因吴淑珍17次请假不到庭，已经终结准备程序，直接进入审理庭。另陈镇慧先前涉案部分，则已进入到最后的辩论、检方论告阶段。

法院认为，特侦组新起诉的吴淑珍、陈镇慧部分，不会影响合议庭先前的审理；日后吴淑珍、陈镇慧若被追加起诉，之前进入审理程序的部分，合议庭仍将继续进行，至于新起诉的部分，则是另外召开准备庭处理。

特侦组调查机要费案及扁家洗钱案，案情远超过当年查黑中心的调查范围，掌握过去查黑中心所没有查出的大批“新事实、新证据”，导致原本起诉的吴淑珍、陈镇慧等人的犯罪事实、涉案法条等都有变动。

法界分析，依目前特侦组的调查方向，机要费案的被告，除了陈水扁、吴淑珍、陈镇慧外，可能还会有前“总统府”官员多人；另洗钱案部分除了扁家成员五名被告与陈镇慧外，部分知情的人头户，也将改列被告。

其中，吴淑珍部分，查黑中心先前依职务诈欺贪渎罪及伪造文书罪起诉，但目前特侦组则认为她还另涉侵占公有财物、洗钱罪；而且吴淑珍贪污的金额已不止当年的新台币一千四百八十万元。

当年查黑中心对吴淑珍“手下留情”，起诉书曾建请对她“减轻其刑”，但这次特侦组调查起诉范围扩大，似乎不可能再从轻发落。

另陈镇慧部分，当年她只被认定涉嫌伪证罪，对吴淑珍以不实发票诈领机要费并不知情；查黑中心以她颇具悔意，建议法院“判处缓刑”。但这次特侦组认定陈镇慧当年对于不实发票诈领部分，是受吴淑珍授意，并非不知情，其涉案程度加重，属于贪污、洗钱、伪造文书罪共犯，并遭声押获准，检察官应该也不会再给法院量处缓刑的建议了。