香港回归之后，港台关系发展可分为民进党执政前与执政后两个阶段。香港回归后到民进党执政前，国民党统治下的台湾，港台关系性质有了很大变化。在将两岸关系定位为“分治的两个对等政治实体”下，台湾当局将香港定位为不同于大陆地区的“特别区域”，也即香港与台湾不是处在同一位阶下的两个政治实体，香港的法律地位是在“台湾政治实体”之下的次地区概念。

在法理上，台湾当局在《香港澳门关系条例》中，并未明确台湾与港澳的政治关系或主权问题，而是采取了模糊的处理办法，只是将“九七”后香港及“九九”后澳门规定为非侨区，香港、澳门居民不再视为华侨，而且只是“为规范及促进与香港及澳门之经贸、文化及其他关系”制定本条例，从而未明确是否坚持过去认定的拥有对香港主权问题。

总体上，香港回归后，到2000年国民党下台三年时间里，港台关系平稳发展。

（一）台湾当局对港台关系发展持正面看法，但反对将“香港模式”用于台湾

香港回归后，台湾当局十分重视台港与台澳关系的发展。香港回归前，台湾当局已制定了较为完整的涉港（澳）法律体系。回归后，台湾“陆委会”持续出版《港澳》刊物（后改为《港澳季刊》，介绍台港澳形势，公布台湾与港澳之间的经济与人员往来统计。同时，“陆委会”每年公布香港回归后的香港形势报告，对香港回归后的政治、经济、社会以及台港关系、香港与内地关系进行分析评估，显示台湾当局十分重视香港回归后的台港关系发展。

台湾方面主张香港回归后台港关系的持续平稳发展。1997年7月1日香港主权移交前日，台湾首任“香港事务局”局长郑安国致函董建华，在祝贺董建华出任香港特区行政长官的同时，希望双方共同为建构一个更正常、更稳定、更完整的台港关系而努力，进而促进两岸关系之良性发展。

香港回归后不久，即同年7月28日，台湾“陆委会”主委张京育在“总统府”发表“香港新情势与两岸三地关系之发展”报告，阐述了台湾当局对香港回归后的政策主张与形势分析，认为香港与两岸三地关系的发展必将进入一个新阶段。

在香港回归一周年之际，“香港事务局”局长郑安国表示，香港主权回归中国人管制之后，港台关系整体上比过去要好。台湾“陆委会”主委张京育在接受专访时表示，“我们对香港的政策是一贯的，不因其管治权转移而改变，即（1）维持台港关系发展；（2）增进彼此的交流与合作；（3）维护香港地区的自由、民主与繁荣，以保持其在国际社会的地位，如此不仅有助于两岸三地的经济发展，也可促进亚太地区的稳定与繁荣。” 不过，台湾方面对台港交流形势表示不满。台湾“陆委会”发表的首份“香港移交周年情势报告”，除认为香港与大陆互动愈益密切及香港“大陆化”倾向增强外，台港各项交流大致维持不变，但特区政府对台港官方交流设限，而且较港英时代严格，官方交流进展迟缓 。同时，台湾当局对香港“一国两制”与“高度自治”前景持有怀疑态度，继续反对适用于台湾。

香港回归后，台湾当局在将两岸确立为“一个分治的中国”格局下，反对将台湾与香港等同。 1998年，台湾“陆委会”在香港回归一周年发表正式声明，强调“一国两制”不适用于台湾，这项制度不能确保台湾能永远享有目前自由、民主、均富的生活，而且认为“中华民国是一个主权独立的国家，香港原是英国殖民地；我们国际上有自主的外交，国防上有自卫的能力，香港都没有；我们是民主国家，国家前途由人民决定，香港人民无法决定自身的前途；我们和大陆统一没有时间表，而香港主权移转在历史里已经决定。”“一国两制可能适用于九七后的香港，但不适用于两岸的统一” 。

（二）台湾在香港的政治活动仍在继续

香港回归后，台湾当局在香港的政治活动减少，港台关系政治色彩减弱。香港回归前，与台湾有“外交”关系的国家在香港驻有领事机构。回归后，与台湾有“外交”关系的国家设在香港的领事机构降为非官方性质，或改为商务办事处，香港不再是台湾从事对外政治活动的场所，而只能进行经济或民间的活动与交流。不过，港台关系的政治性没有消失，只是政治关系的性质发生变化。

香港的亲台政治势力与社团依然存在，只是活动的方式有了变化。回归前，台湾在港机构与亲台社团每年都会公开或大张旗鼓地在香港举行庆祝“中华民国”“双十节”活动。回归后，亲台社团不能再公开举行庆祝“双十节”的活动，只能采取变相的庆祝活动。在香港回归后第一个“双十节”上，香港亲台社团以“庆祝双十节暨庆祝辛亥革命86周年”为名举行，不再有“国庆”字眼，不再挂青天白日旗。台湾“香港事务局”局长郑安国、前立法局议员曾健成、临时立法会议员冯检基和李启明、前行政局议员张健利及《九十年代》总编辑李怡等香港知名人士出席了庆祝活动，显示香港回归后，香港亲台社团在不违背一个中国原则与香港《基本法》的情况下，在港的正常活动不受影响。

亲台政治人物在法律允许的范围内仍积极介入香港的政治活动。在1998年香港首届立法会选举中，台湾方面表示了极大的关注，在港亲台人士也积极参选。同年4月10日，台湾驻港机构负责人、“香港事务局”局长郑安国表示，台湾方面关注首届香港立法会选举，但立场会保持中立，不会介入、支持或鼓励任何团体参加，亲台人士则仍积极参与。台湾《联合报》发表“港亲台派积极参选”的文章，指出参选的三股亲台力量，除了以任善宁为首的“一二三民主联盟”是亲台力量首次参与香港的直选活动外，通过劳工界功能参选的，是工团会副秘书长梁子良参与选举委员会选举 。

不过，台湾驻港代表郑安国在1999年应“香港电台”之邀辩解“两国论”，违反了相关政策，引起港台关系的紧张。香港特区政府对此明确表示，台北驻港代表不应发表不符身份的经贸及旅游以外的言论。受此事件的影响，郑安国被迫调回台北，而接任者张良任赴港签证也受影响，迟迟得不到批准，港台关系一度陷入低潮。在中断一年后，张良任才取得香港政府的签证，并得以赴港工作，港台关系紧张关系获得改善。

国民党党务机构在香港仍继续存在与发展。1997年8月，国民党港澳总支部改选，由15名委员和11名支部主委委员组成。负责人均是在香港具有影响力的亲台人士，其中包括四名“一二三民主联盟成员”。改组后的原国民党港澳支部书记长郑安国与陈潮洋改为顾问。

（三）民间经贸与人员往来发展顺畅

香港回归后，港台经贸往来与合作发展平稳。1997年11月，台湾与香港经贸合作委员会第八次联席会议暨台港经贸合作研讨会，在台北召开，这是“九七”后香港经贸团体首次赴台，商讨经贸合作议题。会后，中华台北—香港经贸合作委员会主任委员高清愿（台湾工业总会理事长）、香港—台北经贸合作委员会主席郑明训（香港国际委员会主席）签署“合作协议备忘录”，其中包括：（1 ）建议台湾减免香港产品进口关税及进一步放宽大陆原料半制成品进口限制。（2）建议台湾放宽香港银行及保险机构在台湾营运的限量。（3）建议香港特区政府放宽台资企业派驻香港人员的工作签证及缩短签证核发时间。（4）建议香港特区政府加速审查台湾金融机构在港设立分行的许可。（5 ）继续建议香港特区政府准许持有经确认前往其他国家机票的香港旅客可免签证在台逗留七天 。这些建议在香港回归后，逐步得到实现，促进了港台之间的经贸与人员往来。

港台通航问题得到妥善解决。早在1947年，香港与台湾就已建立了通航关系。中华人民共和国成立后，英国与台湾国民党当局断交，台湾与香港的空运关系中断，造成港台之间极大的不便。1965年，港英当局与台湾方面从实际出发，通过双方航空公司签订航权协议，再分别向各自的主管部门报备批准，双方通航恢复，并延续至香港回归之前。

在香港回归之前，台港航线属于国际航线。1990年4月30日，台湾中华航空公司与香港国泰航空公司签署了《台港航约》，该航约称“旧航约”，于1995年4月29日到期。如何处理1997年香港回归后的台港通航问题，颇受各界注目。对于香港回归后的台港航线，中国政府定位为国内航线。早在1992年9月，中国民航局负责人在两岸空中直航问题发表的谈话中就表示，“随着香港1997年回归祖国，从法理上讲，届时港台航线的性质也将成为中国国内直达航线”。1995年6月22日，国务院副总理钱其琛提出中央人民政府处理“九七”后香港涉台问题的基本原则和政策，即外界所称的“钱七条”，其中第三条明确指出，“根据一个中国的原则，香港特别行政区与台湾地区间的空中航线和海上航线”，按“地区特殊航线”管理。“香港特别行政区与台湾地区之间的海、空航运交通，依双向互惠原则进行”。

台港“旧航约”日益迫近，如何签署跨越“九七”的台港新航约，成为两岸及香港三方关注的一个重要问题。经过多次协商，循“台澳通航模式”， 1996年6月13日，台北航空运输商业同业公会代表与港府授权的香港国泰、港龙航空公司代表签署《台港交换航权协议》，期限5年，即2001年6月12日届满。台港新航约主要内容有：（1）华航班机每周105班客机、6班货机，其中35班为客机或6班货机具有延伸至另一航点或停靠中间站的第5航权。（2）香港国泰航空客机每周100班，其中35班客机和6班货机具第5航权。（3）台湾第2家航空公司每周16班，有营运台北与香港间客货运的第3航权（即甲国飞机在乙国降落并卸下客货）和第4航权（甲国在乙国降落并装载乙国货物返回甲国）。（4）香港港龙航空有21班专飞高雄－香港线。这一航约的达成，为港台航运顺利跨越“九七”创造了条件，保证了港台航运与经济的发展。

港台海运关系历史悠久，双方相互承认在对方注册船舶的标识，准许彼此船舶停靠港口，从而保证了港台海运的长期稳定发展与繁荣。香港进入过渡期后，台湾方面十分关注港台之间海运关系的变化。为防止香港回归形势变化影响港台海运，台湾“行政院香港小组”于1986年制定“奖励华侨所属船舶悬挂国旗处理办法”，吸引与鼓励在港注册的船舶公司赴台注册。不过，在香港回归前，港台通过民间方式达成通航协议，通航问题得以圆满解决。

香港回归后，港台航运与经贸关系发展平稳。依台湾海关统计，1997年到2000年，台湾对香港的出口金额从287亿美元增至308亿美元，进口从不足20亿美元增至22亿美元，变化不大。不过，香港对台投资或台对香港投资起伏均比较大。

由于香港与台湾的历史源渊以及双方经贸关系密切，港台人员往来频繁。依台湾统计，1997年到2000年，香港居民赴台人数持续增加，从17.8万人次增到26.4万人次，但香港赴台定居人数相对下降，从927人次减为436人次；台湾赴港人数规模虽大，但数量变化不大，每年维持在180万人次左右 。