民进党执政后，港台关系性质变得更为复杂，在两岸关系的大背景下，香港处理港台关系更加谨慎，港台关系受两岸关系的影响越来越大。不过，由于香港对台湾经济与政治的重要性并未削弱，民进党执政后，也非常关注香港形势，尽管对香港“一国两制”与政治改革持负面观点，但仍强调港台关系的重要性，港台关系总体上还是保持了较为平顺的发展态势。

（一）民进党对港台关系的立场与对香港回归后形势的评价

民进党上台后，对香港的政治改革与民主发展等议题十分关注。尤其是在香港特区政府在制订“国家安全条例”过程中，引起广泛争议，台湾当局即时表达了其立场与主张。针对香港特区政府制订“国家安全条例”一事，台湾“陆委会”于2003年7月1日发表负面谈话称，“如果这项法律按照现有条文通过，不仅是对香港居民人权上的一大伤害，更可能影响各国与香港的交流互动，在动辄得咎的法律条文限制之下，香港的自由与繁荣前景令人担忧”。7月2日，台湾“行政院院长”游锡堃就香港“23条立法”引起的“七一大游行”问题发表谈话指出，“此次港人大游行的背后凸显了多重意义：第一、代表着中国所推销的‘一国两制’完全不可行；代表着在‘一国两制’下，香港人民原本享有的基本人权在六年已被逐渐地侵蚀削夺；代表着香港人民对‘一国两制’的彻底幻灭。第二、港人一向视为理所当然的基本人权与自由，将随时面临触法入狱的危险，也将严重影响台港往来。第三、台湾朝野共同推动公投法制化的同时，香港基本法第23条立法更突显了台湾在保障自由、推动民主的进步。”

台湾当局还利用2003年香港“七一游行”一事，支持香港的游行行动，关注这一事件可能产生的影响。游锡堃还呼吁台湾民众应该全力支持香港人民维持基本人权与自由的行动，并指示相关部门加强宣传，让台湾民众与国际社会认清“一国两制”的虚假与危险，而且要求“陆委会”密切关注香港形势的变化，并尽快提出必要的因应措施。

就民进党执政后的港台关系观察，港台关系在政治上出现不少对立的情况，台湾当局对香港“一国两制”、政治改革与特区行政长官等多持负面看法。

尽管如此，民进党执政后，仍很重视台港关系的发展，也采取了一些积极措施，使得台港关系得以持续平稳发展。为了强化台港关系，台湾当局于2001年发表了“宏观与务实——现阶段港澳政策”白皮书，提出将以“善意和解、积极合作、永久和平”的精神，致力于提升台港关系，并积极改善香港人士来台相关措施，这成为民进党执政后台港关系的基本政策主张。

2003年7月1日，台湾“陆委会”在表达对“国家安全条例”立场时也表示，“基于香港一向在两岸往来上扮演重要的角色，‘陆委会’特别呼吁香港政府必须以维系并逐步发展台港各项交流互动为重，对于台港两地人民往来不仅不应该加以限缩，尤其在此各界充满疑虑之际，更应主动表达对台港民间交流的重视，以及未来将不是现状的紧缩，而是在既有的基础与惯例上，谋求台港关系的进一步发展”。

台湾“陆委会”发表的“香港移交六周年情势研析”报告，对台港关系发展给予肯定，在第九条以“台港交流逐步改善，沟通管道纳入正式机制”为小标题，认为“台港关系的进展，不仅是双方务实态度的表现，亦为未来台港官方更紧密的联系与互动奠定基础。”

（二）港台民间交流与往来持续发展

港台双方对民间交流与往来均持积极的支持与开放态度，不断采取一系列更为便捷的措施，促进了双方的民间交流与往来。

台湾持续放宽港澳居民赴台条件。为方便台港民众往来与交流，1999年6月，台湾方面恢复对港澳居民核发多次加签措施，即一年内可多次入境签证。2002年5月10日，台湾“陆委会”香港事务局驻香港国际机场办事处正式启用，其主要功能为“提供经香港来台的大陆人士换领来台旅行证，受理港澳、大陆及台湾民众有关照证事宜的查询与相关紧急服务。台湾“陆委会”认为，香港机场办事处启用后，台驻港机构将可为往来两岸三地的旅客提供高品质服务，对促进台港及两岸之交流具有相当大的助益。同年6月，台湾“内政部”发布《香港澳门居民进入台湾地区及居留定居许可办法》第九条修正案，放宽港澳居民申请临时入境停留14天（即落地签证）的对象，在香港、澳门出生的港澳居民，第一次到台湾旅游，可以办理落地签证。此举目的主要是落实为改善港澳人士入境措施，吸引更多的港澳居民及时赴台旅游。台湾“陆委会”于2003年10月在台湾首次举办“律动台湾心，团结港澳情”“国庆酒会”，邀请港澳民众与团体、在台港澳学生代表等五百多人与会，以促进台港交流与良性到动。“陆委会”在2004年6月底发表的“香港回归七周年情势研析报告”写到，“为积极促使香港各界人士了解台湾自由化、民主化及全球化的经验，‘陆委会’邀请香港各界人士（每年约2000人）来台参访”，让其了解与亲身体验台湾社会多元与经济开放。

香港特区政府也对港台居民往来提供更方便的措施。2001年1月底开始，特区政府对在港工作或居留的台湾民众签发多次入境许可证，以取代由律师行公证处签发的入境身份陈述书。2002年3月，特区政府对台湾旅客正式实施电子签证措施，显示民进党执政后，港台民间制度化交流有进一步的发展。

港台民间交流的范围与领域广泛。首先是青年学生交流频繁，在台就读的港澳学生持续增加。鼓励港澳学生在台就学一直是台湾当局港澳政策的重要部分。民进党执政后，延续了这一政策，而且在发表的官方报告中强调“强化在台港澳生之协助与服务”，“‘政府’向来极重视港澳生来台之升学及照护（如定期访问各校港澳生、办理港澳生研习活动及座谈会、办理港澳生课业辅导、提供奖助学金、提供清寒港澳生公费）。依台湾官方统计，到2004年上半年，就读台湾大专院校的侨生9161人，其中港澳学生达3073人。同时，台湾“陆委会”每年都会举行港澳青年在台湾的观摩活动。2005年7月，台“陆委会主委”吴钊燮在出席“2005年港澳台湾观众摩团”欢迎茶会时表示，举办观摩团不仅让港澳青年认识台湾，其深层目的是在两岸关系的关键时刻，进一步促进两岸交流和沟通，让两岸年轻一代有互动和了解，推动两岸关系的发展。显示，台湾当局对台湾与港澳青年学生的交流及其作用持正面看法。

民进党执政后，港台文化与媒体的交流或互动依然密切。香港媒体也相继在台湾市场开放后进入岛内发展。香港知名的苹果日报集团的《壹周刊》获准在台出版，对台湾媒体产生重要影响。香港凤凰电视公司在台湾设立了分支机构。香港李嘉诚旗下的公司收购台湾媒体。相对的，台湾媒体在香港的发展相对滞后。

另外，台湾与香港亲台社台来往依旧密切。台官方媒体公开报道，港九工团联合总会，与香港事务局关系良好，每年举办“春茗”与“国庆”等活动，经常访问台湾。2004年5月，该联合总会主席李国强率团访台，并与台“陆委会”官员商谈，就该会在香港的运作情况与台港问题交抽象意见。

总体上讲，民进党执政后，港台民间与文化交流活动尚属正常，而且还有新的发展。

（三）港台航运与经济交流持续发展

香港在两岸经济交流的角色依然重要，台湾当局仍重视香港的中介角色与台港经济关系的发展。

不过，在港台经济贸易往来方面，台湾当局有意将港澳与大陆作为一个整体来规划，将台港经贸关系归入两岸经贸关系之中。2002年2月，台湾当局在通过“推动企业营运总部行动方案”中，为了推动企业进行全球布局规划，鼓励企业在岛内设立企业营运总部，并避免台商集中大陆或以港澳为中介点，特别将大陆、香港、澳门视为一个地区，以便达成海外关系企业应在两个以上国家设立登记营业，且必须有实质活动。2004年11月，台湾“经济部”宣布，今后有关两岸贸易的统计，将香港纳入大陆之内，不再单独列举台湾与香港的贸易。此后，台湾在诸多刊物媒体中，不再将香港与大陆并列，而是列为“中国香港”。不过，在现实活动中，港台经贸关系密切，台湾未能完全排除台港经贸往来的现实与相关统计。

港台经贸互动依然正常发展。2005年2月，台湾“金管会”与香港“证监会”在台北举行“2005年IOSCO/EMS）训练研讨会”，会后共同发表声明，宣布双方针对台港基金相互挂牌销售达成共识。在签订意向书后，基金就可相互挂牌，香港注册的基金可以来台销售，台湾注册的基金也可到香港销售。其中已规划台湾宝来集团选择台湾卓越五十基金（TTT）与香港盈富基金相互挂牌，但在大陆公布《反分裂国家法》及国民党主席连战、亲民党主席宋楚瑜相继访问大陆后，台湾当局暂停了这一合作计划 。同年6月，第二届海峡两岸和香港、澳门经贸合作研讨会在香港召开。

尤其是实现了民进党执政后首次授权、委托相关机构和民间团体进行的港台通航续约谈判，历时一年多，于2002年6月29日达成共识，完成签约，保证了台港之间航运的发展与经济的交流，也开创了港台正式谈判的先例。不过，港台通航续约谈判并不顺利，致使两度延长旧约。

为解决1997年香港回归后台湾与香港之间的通航问题，台湾与香港的四家航空公司于1996年6月12日签署《港台交换航权协定》，有效期五年，也即到2001年6月12日前必须完成续约。2000年9月19日，钱其琛副总理在北京会见台湾“国家政策研究基金会”执行长江丙坤时表示，两岸“三通”可以依循台湾与港澳航权谈判模式进行，即由两岸航空公司与船舶公司出面协商，是民间对民间的接触与谈判形式。不过，民进党当局有意改变原有的民间谈判模式，主张台湾方面的港台航约谈判由“陆委会”主导，进行官方对官方的谈判，并企图作为日后两岸“三通”的谈判模式。2001年6月1日，台湾“陆委会”发表“宏观与务实：现阶段港澳政策说帖”，要求港台航线必须以官方对等方式进行。香港特区政府则坚持按照以往的模式进行，即由航空公司对航空公司代表官方咨商。由于双方立场不一致，达不成共识，为避免影响台港航运，同意将旧航约延期到2001年12月。

此后，台湾方面策略有所调整，有所妥协，提出双方官员可以非官员身份参加谈判，并希望双方民航局负责人为新航约签字背书，但这种做法未能获得香港特区政府的同意。台湾方面又提出新的设想，放弃过去只签“附约”的作法，同时签订“主约”和“附约”。由于“主约”内容会涉及主权问题，让港台航约谈判变得更敏感、更复杂，香港特区政府不能接受，迫使旧约再次延期到2002年6月30日。

台港航约谈判迟迟不能达成，对港台航运可能造成不利影响，而且可能冲击台湾与香港的经济，台湾面临的谈判压力越来越大，不得不继续调整策略。2002年初，台湾“陆委会”的立场有所松动，将港台航约谈判主导权交给主管部门“交通部”。陈水扁在同年5月10日提出“三通”谈判在官方“主导、参与、介入”下，可以“授权民间谈判”，被认为是给“港台航约谈判定调”，也为港台航约谈判创造了条件。随后，台北市航空运输商业同业公会，与香港国泰等航空公司作为谈判主体，进行协商。台湾“陆委会”与“交通部”官员以公会顾问身份，作为代表团员参与谈判，最后达成单一协议与成果：台港双方均增加三家航空公司参与新航班的分配。其中，台湾方面指定华信航空公司接收原来计划分配给华航公司的所有新增航班份额，但只能飞行高雄—香港航线；港方指定华民航空公司参与新增航班的分配。这一谈判成果，受到港台媒体的肯定。台湾《工商时报》发表社论指出，“新航约不仅为港台互动建构了全新的谈判模式，也为两岸通航谈判提供了一个参考案例”。

另外，为争取香港与大陆市场，台湾远东航空公司提出经营台湾经帛球到香港的航线，因没有帛球到香港的航权，乃采取与当地合作经营台北—帛球－香港航线，并向台湾民航局提出申请，尽管台湾“外交部”一度介入，担心对与台建交的台帛关系造成冲击，要求远航公司进一步评估，不过，最后还是批准该公司经营台北－帛球－香港航线，并于2005年7月底开始飞行台北、高雄－帛球—香港航线，台港航运有了新的发展。