香港回归后，台湾“陆委会”与港台民间机构经常发表港台民众对“一国两制”与港台关系的看法，其中，香港中文大学香港亚太研究所于1998年6月开始就进行每年一次的有关香港回归后香港市民对港台关系的态度及变化的调查。从有关调查结果分析，可以反映港台民众对港台关系的立场与港台关系发展的现状。

从民意调查结果看，港台民众对“一国两制”的态度是不同的，香港支持者众，并认为适用于台湾；台湾支持者寡，但认同比例在上升。1998年6月底，台湾“陆委会”港澳处发表的民调结果显示，台湾民众反对“一国两制”者从回归前的82%降为51%，支持者由8.5%上升为16%，反对者下降30个百分点，支持者上升近一倍。同时，香港民众支持台湾适用“一国两制”的比例也迅速上升，即有49%的香港人认为“一国两制”适用台湾，只有37%的人认为不适应；台湾民众接受“一国两制”者达20.1% 。香港亚太研究所2000年的调查显示，66.1%的民众认为中央政府能够落实“一国两制”，而且认为如果香港“一国两制”成功，59.7%的民众认台湾应该实施“一国两制”。

从调查结果观察，香港回归后，台湾民众对港台关系更加关注，并抱有很高的期待，但对现状不满意。在台湾“陆委会”委托政治大学选举研究中心进行的“台港两地人民对台港关系看法”民调结果中，台湾36%的受访者认为香港回归后台港关系比过去更疏离，同时63%的受访民众认为大陆接管香港后台港关系相当重要，而且近60%的民众支持台港互设官方机构，35%的受访者认为未来台港关系会越来越好 。这一结果显示，台湾民众对港台关系重要，但现状不甚满意，对未来抱有期待。

2000年，香港亚太研究所调查显示，绝大多数市民（87%）认为维持港台密切关系对香港相当重要，与前两次调查比例相近，显示发展港台关系是香港的主流民意。不过，香港市民对港台关系现状不满，54.3%的受访者认为目前的港台关系较回归前疏远；有半数香港市民认为特区政府不重视港台关系（占50%），而且人数较前两年调查增多，有48.5%的民众认为台湾当局较为重视台港关系，有更多的市民赞成香港与台湾互设官方办事机构，有相当部分民众认为未来港台关系发展会更密切（40.7%） 。

香港民众关注“台独”问题，大多数香港民众反对“台独”，认同两岸统一。香港中文大学亚太研究所2000年调查显示，超过一半的市民（54.2%）认为台湾应该尽快与中国大陆统一或维持现状以后走向统一，而认为台湾应该独立或维持现状后独立的只有4.6%，表示香港市民的主流民意是反对“台独”，支持中国统一。

香港大学于1993年6月开始调查香港民众对台湾岛内“台独”问题的立场与看法，基本结论是大多数香港市民反对“台独”。在2005年6月香港大学发表的最新一次调查中，77%的受访者反对台湾独立，赞成者只有9%，创下十二年以来新低。还有 53%反对台湾加入联合国，50%对两岸统一有信心，没有信心者也占34% 。

总体观察，香港市民关注台湾问题，肯定“一国两制”在港的实施，关注港台关系的发展，反对“台独”，支持两岸统一，但对港台关系现状不满意。台湾民众认为港台关系重要，对未来发展抱有期待，对“一国两制”认同度虽不高，但仍在改善之中。