90年代开始，台湾当局的香港政策与战略有了新的变化，一方面正面看待与处理香港回归问题，加强机构与人事调整，完善法规与制度；另一方面，为防止香港回归后可能对台湾经济造成的冲击与影响，开始积极寻找替代方案，但总体上讲，台湾当局的港澳政策逐步趋于务实。

1990年4月4日，香港《基本法》公布后，香港未来大势已定，台湾当局的香港政策逐渐明朗化，开始重新积极部署在港力量，做好长期立足的准备，要利用香港这块“前哨阵地”，在“统一中国”的进程中扮演重要角色。同年5月20日，李登辉在就职演说中提出，在“两个政府完全对等”的基础上，发展两岸关系的新大陆政策，并作为处理对港政策的大方向，同时提出国民党港澳政策的目标是通过增加在港人力、物力和机构，展开二线、三线的部署，力争在1997年后在港澳形成实质上的“两个对等政府”共管的局面。

1992年4月，台湾当局编印《中华民国政府对香港、澳门之具体政策》和《港澳政策答客问》，进一步明确了“九七”、“九九”后台驻港澳机构、人员不撤退的原则。同时在现有港澳政策基础上，结合港澳现状、两岸关系及国际形势，台湾当局制定了《现阶段港澳工作方案》，主张支持港澳地区国际化、自由化，维护港澳地区“自由、民主、安定和繁荣”，促进台湾与港澳之间的交流与合作，加强推动在港澳的各项工作，确定驻港澳机构“九七”、“九九”后持续发展的方针。其中，维护港澳地区“自由、民主、安定和繁荣”成为台对港澳的新口号。同年11月，台当局高层召开会议，讨论“港澳政策”。“陆委会”主委黄昆辉发表“当前港澳政策的专案报告”。会议的主要共识是：未来港澳工作重点将放在经贸、文教和金融三个方面；未来香港将定位为“特别行政区域”，并比照“两岸关系法”订定“台港澳关系法”；维持“九七”后香港民主、自由、繁荣，为现今我港澳政策原则；在推动香港加速民主化措施上，将加强对香港民主派立法局议员的支持，通过各种方式使民主派人士能进入立法局问政，加快香港的民主化；加强台港之间民间组织的联系，推动台港间青年学生与文化界人士的交流。

1993年初，连战出任“行政院长”后，台湾当局的港澳政策转向务实与积极，对大陆的敌对降低，强调两岸在港澳问题上的合作。同年3月，连战提出港澳工作的三项目标：维护港澳地区的“民主、自由、安定与繁荣”；促进台港澳间的相互了解与支持；共同追求中国的“民主、自由、均富”与统一。同时，台湾“陆委会”通过新的《港澳工作方案》，删除了“积极支持港澳地区向国际化方向发展”及“争取港澳同胞的认同与支持”等提法，增加了“互惠互利”、“了解与合作”和“厚植留港基础”等内容，并提出以民间机构形式统合在港机构。同年8月，国民党召开第十四届党员代表大会，对港澳政策也做了相应调整，主张“面对港澳治权即将转移之情势，采取积极措施，维护港澳同胞自由意愿与生活方式，促进港澳持续安定繁荣，并制订专法，加强与港澳地区之关系”。

1994年底，台湾负责香港事务的权力由“外交部”移交“大陆委员会”，香港问题从涉外事务转变为“内政”，这是台湾当局香港政策性质转变的一个重要事件。

1995年初，江泽民主席发表“为促进祖国统一大业的完成而继续奋斗”的对台重要讲话，在海峡两岸引起很大反响。4月8日，李登辉在“国家统一委员会”召开的临时会议上发表“六点声明”，其中提出 “两岸维护港澳繁荣，促进港澳民主”的基本主张，强调“香港和澳门是中国固有领土，港澳居民是我们的骨肉兄弟，1997年后的香港和1999年后的澳门情势，是我们密切关心的问题。中华民国政府一再声明，将继续维持与香港的正常联系，进一步参与香港事务，积极服务港澳同胞。维持经济的繁荣与自由民主的生活方式，是港澳居民的愿望，也受到海外华人和世界各国的关注，更是海峡两岸无可旁贷的责任。我们希望大陆当局积极回应港澳居民的要求，集合两岸之力，与港澳人士共同规划维护港澳繁荣与安定。”

1997年1月底，台湾当局决定以“务实”作为“九七”后台港关系发展的最高原则，以经贸活动为台港关系发展的主轴。27日，台湾“陆委会”主委张京育表示，驻港机构及签证问题不排除维持现状，要视七月一日后情况再作调整，如果实际可行，便无须再协商；“九七”后，政府驻港机构工作，将以民间性和经济为主导方向，并会积极规划与香港特区政府之间的交流互动，会采取务实与促进经贸往来的作法，欢迎特区政府在台设立办事处。台湾“陆委会港澳处”处长厉威廉表示，将以经贸活动作为“九七”后台港关系的主轴，在亚太经合组织、世贸组织等国际架构下维系台港经贸交流 。2月1日，台湾“行政院院长”连战在年终记者会上就香港回归后的台港关系发表看法指出，“政府仍然希望香港能够维持特定的组织形态、生活方式及自由经济，也基于这样的信念，我方不会撤离香港，反而会加强在香港的交流活动”。

同时，台湾当局面对香港回归，积极立法，拟订《香港澳门关系条例》。1997年3月18日，台湾“立法院”正式通过《香港澳门关系条例》，成为台湾当局处理台湾与港澳地区关系的主要法律依据。

香港回归前夕，即1997年6月16日 台湾“陆委会”发表《中华民国政府对九七香港情势的立场与政策说帖》，全面阐述了台湾当局对香港回归后的台港关系性质与原则、驻机构的功能与工作等。该说帖认为，“九七后，香港成为大陆管治下的一个特别行政区，未来的台港关系及对港工作将受到限制”，因此“必须以更务实、更前瞻的态度去推动相关工作”，希望“建构一个更完整、更稳定而和谐的台港交流关系”。

台湾当局将“九七”后对港工作定位在三个方面： 一是以建立台港关系长期稳定的架构为主，进而为两岸关系创造和缓良好的环境，即不仅强调建立长期稳定的台港关系，还将台港关系与两岸关系相联系，作为两岸关系发展的基础之一。二是“继续增进双方之交流、了解及合作，广泛地服务香港地区人民”，即“交流”与“合作”仍是台港关系的主体。三是建立台湾在港人的良好形象，争取港人对自由、民主及法制制度的认同，实际上是要香港与台湾在民主与法制方面趋同。

为保证香港回归后的港台经贸关系顺利发展，台湾当局采取一系列所谓的“预防”措施，并通过法律手段详细规范。1997年6月18日，台湾“陆委会”一举审查通过了九项有关香港回归后的台港经贸关系法规，除《香港澳门关系条例》、《香港澳门关系条例实施细则》外，还包括《台湾地区银行在香港澳门设立分支机构子公司许可办法》、《台湾地区证券及期货机构在香港澳门设立分支机构子公司许可办法》、《台湾地区保险机构在香港澳门设立分支机构子公司许可办法》、《对香港澳门投资或技术合作审核处理办法》等。

台湾“经济部长”王志刚表示，根据七月一日后实施的《香港澳门关系条例》，台湾已将港澳视为大陆以外第三地区，贸易、投资仍采取直接方式进行，未来台港经贸往来仍将维持现阶段的稳定发展，不会有什么改变。台湾“财政部长”邱正雄表示，香港回归后，台湾金融、保险和证券业在港分支机构的业务，仍将维持正常往来，但不可到大陆投资设点。同时有关部门负责人表示，香港回归后，“国营”及党营事业仍可按以前规定在香港投资，不设限，省营行库设在香港的分行和办事处不会撤出。

总体上讲，台湾当局出于经济利益考虑，在实践中逐步形成的港澳政策是务实的，积极的，也是较为灵活的，有利台港澳关系的发展。