民进党“执政”后，在维持国民党当局现行港澳政策的基础上也有所变化与调整。

2001年6月，台湾“陆委会”发表民进党“执政”后首部“港澳政策白皮书”，即“宏观与务实—现阶段港澳政策白皮书”，强调“台港澳关系是两岸关系的重要试点，将致力于推动与港澳地区的交流与合作，也期待大陆以宏观、长远的视野，务实地处理台港澳关系，进而建立正常化的联系协调机制，乐见港澳均能成立驻台机构，建立相互往来新架构”。这一白皮书基本上阐述了民进党当局对台港关系、台澳关系的立场、政策目标与做法。

民进党的台港关系政策基本上继承了国民党当局对港的政策主张，认为台湾的港澳政策有其一贯性，为推动“九七”及“九九”后台港、台澳之间各项关系的发展，将香港与澳门定位为有别于大陆地区的“特别区域”，台、港、澳人员往来维持原有直接方式，强调“新‘政府’了解港澳地区之特殊性与重要性，将以更开放之作为及更具前瞻性处理台港澳关系”。

该白皮书强调，民进党当局将以陈水扁在2000年当选后的就职演说中提出的“善意和解，积极合作，永久和平”两岸关系发展主张，作为处理港澳事务的原则，并提出在充分尊重港澳地区高度自治性的情况下，达到如下目标：维持台港澳关系的良性发展；增进彼此交流与合作；共创繁荣与和平。

不过，民进党执政后，对港澳地位的定位还是进行了调整，将港澳与大陆逐渐视为一个整体，只是在具体事务过程中，仍区别对待。台湾“陆委会”于2003年宣布，今后将台港澳经贸往来统计列入两岸经贸范围之内，不再另作统计。此后，在台湾出版的相关刊物中，不再将香港、澳门专门单独列出，而是归入“中国大陆”之内。如台湾“中央通讯社”每年出版的《世界年鉴》，自2004年起不再将香港、澳门单独作为一个单元，而是归入“中国大陆”之内，有关港澳情况的内容也大大缩减。不过，由于香港以及澳门对台湾经济的重要性，在实务运作中，有关部门还是重视台湾与港澳关系的发展。总体上讲，民进党当局处理港台关系与澳门关系的政策是较为务实与灵活的。