香港进入后过度期后，澳台关系获得新的发展，澳门在两岸关系中的地位开始上升，并随着澳门的回归，澳门在两岸关系中的角色更加重要，在某些方面取得了香港扮演的部分功能与角色。

台湾当局十分重视澳门及台澳关系的发展。澳门回归后，台湾“陆委会”每年发表“澳门移交情势研析”报告。在“陆委会”发表的澳门回归一周年报告中，对澳门回归后的形势发展评价远较对香港的评价为高，认为澳门“政治运作尚称平稳”，“治安略有改善，旅游、博彩收益显著增长”，“新闻自由方向基本不变”，“台澳关系稳定中发展，但制度化沟通机制尚待建立”。报告在第二部分还特别提出“建构稳健的台澳关系”的设想，提出以陈水扁在2000年5月上台时提出的“善意和解、积极合作、永久和平”的两岸关系原则，处理台澳事务，在充分尊重澳门地区自主的情况下，维持台澳关系的良性发展，增进彼此交流与合作，以“善意、务实及服务为出发点”推动如下工作：强化驻澳机构功能，扩大对台港澳居民的服务，全方位开展与澳门各界的接触，扩大相互认知的深度与广度，改善澳门居民人士赴台相关措施。该报告特别强调，“和谐而稳定的台澳关系，不仅有利彼此发展，而且对两岸关系亦有正面影响”，“期望中共及澳门特区政府能以宏观、长远的眼光、以务实的态度处理台澳关系，建立直接往来机制，为台澳关系奠定更好的基础”，显见台湾当局对澳门更具正面的看法，对台澳关系有更高的期待。

台湾出版的《2002世界年鉴》对台澳关系的发展也给予高度肯定：台湾当局“对于台湾地区与澳门地区关系的发展，秉持互惠、持续、以及法制等原则推动两地间经贸与文化的交流。澳门回归中华版图后的一年来，两地关系大致保持稳定发展之势，台北方面与澳门特别行政区政府间沟通及联系堪称良好，交流日趋密切。”可以说，澳门回归后，澳台关系发展顺利，台湾方面更加关注澳台关系的发展，也使得澳门在许多方面取代了部分香港的功能。

澳门回归后不久，即2000年初，台湾当局将澳门台北贸易旅游办事处改名为“台北经济文化中心”，提升了驻澳机构的层次，该机构成为台北驻澳门的代表机构，负责台北方面的涉澳事务。同年12月，澳门首次举办“澳门台湾经济合作研讨会”，会议达成澳台两地共同研究建立常设经贸合作机制的共识，同时决定以后每年由澳门特区政府机构出面协办“台湾产品展销会”，显示澳台双方重视双方的经济交流与合作。台湾当局还通过具官方背景的机构与澳门联合举办“台澳关系研讨会”。1995年开始，台湾“中华港澳之友协会”与澳门大学每年举行“台澳关系研讨会”，结合澳台两地学者就澳台关系发展交换意见，增进双方了解，加强经济合作。

澳门特区政府也十分重视澳台关系的发展，提供各种方便，促进澳台关系的发展。2002年1月，澳门特区政府发布新闻稿：为方便澳门居民赴台及方便大陆居民、外国人士经澳门往来台湾，同意台湾驻澳机构为澳门居民以及经澳门赴台的大陆居民、外国人办理入台证件和提供旅行服务，进一步发挥澳门在两岸关系中的作用。

上世纪90年代中期后，澳门逐渐成为仅次香港的台湾民众往来两岸的中转地。其中，澳门航空公司经营的台湾到大陆多个城市的“一机到底”通航，经澳门往来海峡两岸的人数大幅增加，促进了澳门旅游业与经济的发展。

1995年 10月，澳门民航局授权澳门航空公司与台湾“交通部”授权的台湾北市航空运输商业同业公会签订“台湾澳门空运商业协议”，达成四项结论：台湾2家航空公司（长荣与复兴）与澳门航空公司加入营运，有效期五年。1995年12月起，双方每周有客运4200座，1996年3月增至双方每周5800座，1997年4月再增至8400座。1998年12月，台北市航空运输同业公司与澳门航空公司签订“互免空运事业税捐了解备忘录”；2000年11月签订“机密了解备忘录”；2001年6月正式签订“关于澳门与台湾间航空运输协议”，双方航班每周增加至4000个座位及货运200吨。

1995年，澳门航空公司经营“一机到底”的两岸航运后，澳门航空公司业务获得迅速发展，而且经澳门中转的台湾旅客迅速上升，对澳门航运、旅游与经济的发展发挥了重要作用。目前，澳航与内地十多个城市有定期航线，与台北、高雄两周有30个航班。尤其是澳航经营两岸“一机到底”航线后，台湾赴澳旅游与过境人数大幅增长。90年代中期以前，台湾赴澳门人数最多的是1990年，只有1.5万人次，到1995年也不足10万人次。此后，由于“一机到底”航线的开通，台湾赴澳门旅游或中转过境人数大幅增长，1996年一举增至30万人次，2000年突破100万人次，2002年达到127.1万人次（占澳门入境人数的13%）；2003年受SARS因素影响赴台湾澳旅客略有下降，2004年再次回升。目前，台湾已成为澳门第三大旅客来源地，仅次于香港与大陆内地。同样，许多在大陆的台湾旅客也经澳门返回台湾。目前澳门航空公司75%的乘客为台湾同胞，可以说对澳航公司营运有着关键性影响。

澳门成为两岸货物运输的中转地。为促进澳门成为台港货物中转地，澳门政府采取了一些积极的措施，如建立“澳门商务促进中心”，举办“澳门国际贸易投资展览会”。为促进物流的发展，制订“对外贸易法案”，通过放宽经营范围与直接转运货物在澳门的停留时间延长等，充分利用自由港及开放的贸易政策，澳门的物流业得到迅速发展，成为澳门新兴产业之一。澳门媒体报道，澳门已成为往来台湾与珠江三角洲的中转站。珠江三角洲快速起步的物流业，促进珠海拱北海关的业务量大增，其中以往来台海两岸的快件业务增长最快，显示台商以澳门作为跳板发展珠江三角洲市场的速度正在加快。2002年首季由拱北海关入出境的快件货物中，超过80%是以澳门作为往来台湾与珠江三角洲的中转站 。

澳门航空公司积极开拓大陆重要城市经澳门到台北的航空货物运输服务。2002年，澳航公司承租马来西亚一架波音货机，于同年10月开办台北经澳门转至大陆深圳机场的专机货物运输，每天二个航班，每周12个航班。到2003年，经深圳机场运输的航空快递货物达10万吨，其中30%运至台湾；单程时间由12个半小时缩短为6个半小时,每公斤运费比原来节约2元人民币。2004年4月，澳航又开通由上海经澳门到台北的“一机到底”货运专机报务，6月开通由南京经澳门到台北的“一机到底”货运航线，同时还开通台北经澳门到厦门的货运航线，到此，澳航提供的“一机到底”全货运服务达到每周114个航班 ，

澳门在两岸中介中的地位逐渐赶上香港，在某些方面还走在前面。其中两岸春节包机的“澳门协商模式”，突显了澳门在两岸的中介角色日趋重要。2005年初，海峡两岸在官员参与、民间机构出面的机制下，在澳门协商，达成“共同参与、多点开放、直接对飞、双向载客”的两岸“春节包机”通航模式。“春节包机”的“澳门模式”逐渐成为处理两岸关系的一种新的模式。2005年，两岸证券业计划通过澳门模式洽签两岸证券业金融监理备忘录（MOU），即“政府主导，民间出面”的方式，委托台湾的证券商公会与大陆证券业协会签订MOU。

总体观察，澳门回归后，澳台关系发展顺利，澳门在两岸关系往来中的角色上升。