香港回归前，港台关系虽与两岸关系有关，但不是从属关系，是独立于两岸关系之外的台湾地区与港英当局统治下的香港地区的关系。香港回归后，港台关系的性质则发生重要变化，台湾当局将香港定位于有别于大陆的“特别地区”，台港关系从属于两岸关系；大陆也将港台关系视为两岸关系的组成部分。海协会副会长唐树备在香港回归前接受中央电视台专访时表示，“‘九七’后，香港特别行政区与台湾地区的关系，将成为两岸关系的特殊组成部分”。

大陆非常重视港台关系的发展及其对两岸关系的重要性。从50年代开始，中央就一直关注港台关系的发展，并先后提出一系政策主张，形成“利用香港、连接台湾、促进两岸”的大战略。

新中国成立后，中央确立了对香港的“长期打算，充分利用”的基本政策，即在较长时期内不改变香港的现状，同时充分利用香港的特殊地位，为中国的社会主义建设和外交战略服务。在这一总体战略与政策下，中央将香港作为对台联络、接触、统战的主要阵地，同时反对台湾当局在香港从事对祖国的颠覆破坏活动。1956年，周恩来提出“不准亲台及反共人士在港从事颠覆中共政权的活动”。1958年10月6日，国防部长彭德怀发表《告台湾同胞书》，首次公开提出“建议举行谈判，实行和平解决”两岸争端。次年，大陆释放第一批国民党战犯，允许他们取道香港，转赴台湾。

60年代到70年代，两岸关系对峙，港台关系相对稳定，大陆对港台关系政策未有大的调整。进入80年代后，随着香港回归问题提上议程及随后中英展开香港回归问题的谈判，中央对香港回归后的港台关系更加重视，相继提出一些新的政策主张。中央第二代领导对港台关系的基本政策与主张主要体现在两个方面。一是提出台湾、港澳地区统一后，均实行“一国两制”的基本原则。“一国两制”首先是针对台湾问题提出来，但率先在香港与澳门得以实行，强调港澳“一国两制”对台湾具有示范作用。不过，也一再强调，港澳问题与台湾问题在性质上是不同的，收回香港与澳门是解决国与国之间的历史遗留问题，是中国政府对港澳恢复行使主权，而解决台湾问题则中国的内政，是中国人自己的事情，不容许任何外国势力插手。

二是对台湾在港活动及港台关系发展的具体政策。1984年，邓小平提出，“一九九七以后，台湾在香港的机构仍然可以存在，他们可以宣传‘三民主义’，也可以骂共产党，但是在行动上要注意不能在香港制造混乱，不能搞两个中国”，“在这样的基础上，进行他们的活动，进行他们的宣传，在香港这种情况下是允许的”，“但是如果变成行动，要把香港变成一个在‘民主’的幌子下反对大陆的基地”，“那就非干预不行” 。这一讲话主要包括了如下几点政策主张。一是港台关系可以保持不变，包括台在港机构的存在、宣传活动等不会因香港的回归而受到限制。二是台湾在港活动必须遵守一个中国原则，不能搞“两个中国”的活动，这是最重要的政治原则。三是反对台湾当局打着“民主”的旗号，将香港作为反对大陆的基地。邓小平已经很有预见性地看到台湾当局可能会在香港问题上打“民主牌”，以对抗大陆，强调要防止台湾当局像回归之前那样将香港作为对大陆进行渗透的基地。有学者用“示范”与“防范”来概况邓小平对“九七”之后港台关系的原则与政策 。同时，1984年，国务院港澳办主任姬鹏飞提出香港回归后处理台港关系的三点意见，即台湾驻港机构与人员可以留驻，各种交流持续不变，惟需遵守香港《基本法》 。

以江泽民为核心的第三代中央领导集体对港台政策延续了第一代、第二代中央领导集体对台港政策的精神与原则，并有新的发展。江泽民在1989年7月11日会见香港特别行政区基本法起草委员会副主任委员安子介等人士时表示，“在处理港澳和台湾的问题上，我们采取‘一国两制’的方针，我搞我的社会主义，你搞你的资本主义，‘井水不犯河水’，我不会在港澳和台湾搞社会主义，你也不要把资本主义的一套搬到内地来。”

在香港回归前夕，由于香港基本法尚未对回归后的港台关系有明确规范，于是中央根据两岸形势，提出了具体与完善的香港回归后的港台关系政策。1995年6月22日，国务院副总理、香港特别行政区筹委会预委会主任钱其琛，在预委会第五次全体会议上代表国务院，宣布了中央人民政府确定的处理“九七”后香港涉台问题的基本原则和政策，即“钱七条”。同年7月，中央政府又公布了“九七”后港台关系的“六不准原则”，逐渐形成较为明确与完整的港台政策。同年11月19日，国务院台湾事务办公室副主任唐树备再次明确表示，“香港特别行政区基本法和‘钱七条’是九七后处理台港关系的依据。

处理“九七”后香港涉台问题的七条基本原则和政策全文如下：一、港、台两地现有的各种民间交流交往关系，包括经济文化交流、人员往来等，基本不变。二、鼓励、欢迎台湾居民和台湾各类资本到香港从事投资、贸易和其它工商活动。台湾居民和台湾各类资本在香港的正当权益依法受到保护。三、根据“一个中国”的原则，香港特别行政区与台湾地区间的空中航线和海上运输航线，按“地区特殊航线”管理。香港特别行政区与台湾地区间的海、空航运交通，依双向互惠原则进行。四、台湾居民可根据香港特别行政区法律进入香港地区，或在当地就学、就业、定居。为方便台湾居民出入香港，中央人民政府将就其所持证件等问题做出安排。五、香港特别行政区的教育、科学、技术、文化、艺术、医疗卫生、劳工、社会福利、社会工作等方面的民间团体和宗教组织，在互不隶属、互不干涉和互相尊重的原则基础上，可与台湾地区的有关民间团体和组织保持和发展关系。六、香港特别行政区与台湾地区之间以各种名义进行的官方接触往来、商谈、签署协议和设立机构，须报中央人民政府批准，或经中央人民政府具体授权，由特别行政区官长批准。七、台湾现有在香港的机构及人员可继续留存，他们在行动上要严格遵守《中华人民国共和国香港特别行政区基本法》，不得违背“一个中国”的原则，不得从事损害香港的安定繁荣以及与其注册性质不符的活动。我们鼓励、欢迎他们为祖国的统一和保持香港的繁荣稳定做出贡献。

台湾当局也非常重视香港回归后的港台关系发展以及港台关系与两岸关系的定位、发展问题，为此制定了一系列的法规与政策，在第二部分已有详细论述。其中，1997年6月，台湾“陆委会”发表《中华民国政府对九七香港情势的立场与政策说帖》，对台港关系在两岸关系中的地位及相关工作有详细的陈述。台湾当局首先将台港关系视为两岸关系的试点，认为台港关系对台湾十分重要，因此在“任何情势下，我们不愿看到香港动乱或经济衰退，或由于政治干预导致台港关系倒退”；强调在香港政权移交后，台港关系便成为两岸关系的重要试点，“未来对港工作的成败，不仅涉及台港同胞的福祉与双方的利益，更攸关两岸关系的发展，乃至国家统一的进程”。因此，“我们希望稳固九七后台港关系的新架构，在互惠互利的原则下，共促两岸三地的良性互动，并进而作为两岸之间整体关系的试点”。认为台港关系与两岸关系相互影响，希望共同建立两岸三地“三赢”局面。强调“一个和谐而稳定的台港关系，固然对于两岸关系的发展深具影响”，而“在目前两岸关系低迷的互动关系，势将对未来台港关系的发展徒增若干不确定性”，因此“未来台港关系的开展，不仅有赖于中共遵守在香港实施‘一国两制’的承诺，更须视海峡两岸是否能务实地持 待双方各项交流关系，方能结合彼此的力量，共同追求两岸三地三赢之局”。民进党当局尽管是个“台独党”，但因经济发展的需要，也重视台港关系及其与两岸关系的互动问题。