在海峡两岸政治对立的情况下，海峡两岸及台湾与港澳地区之间还无法进行官方的或正式的制度化合作，但民间的往来合作与协商机制在发展。

1994年，首届“海峡两岸及香港特区经贸合作研讨会”在香港举行，2002年澳门加入，也改为“海峡两岸和香港、澳门经贸合作研讨会”，此一研讨会轮流在香港、北京、台北及澳门举行，成为两岸四地工商界交流与合作的一个重要平台。2005年，由香港中华厂商联合会、中华全国工商联合会、台湾工商企业联合会与澳门中华总商会联合举办的第二届（总计第八届）海峡两岸和港澳经贸合作研讨会在香港举行，一个重要议题就是为海峡两岸和香港、澳门特区工商界搭建一个联络友谊、沟通资讯、促进交流、加强合作的平台，在共同发展的基础上，发展和坚固中国的经济。

由于经济力量与民间企业推动的两岸四地经济融合在持续发展。其中，香港、台湾、大陆三地的“上海银行”通过历史的与人文关系，建立起横跨两岸三地密切的合作关系，成为两岸四地经济合作的典范。上海银行创立于1915年，曾是中国最大的民营银行。1949年后，上海银行转往香港发展。1965年，上海银行在台湾复业，并通过100%投资上海复兴公司，间接掌握香港上海银行的经营权（持股57.6%）。1999年，由99家上海地区信用合作社改制而成的大陆上海银行成立，并通过开曼群岛，取得香港上海银行22.4%的股权 。2003年，香港上海银行取得3%大陆上海银行有股权，于是两岸三地的上海银行建立起“金融虚拟平台”，提供台商与港商大量金融服务。

香港回归前后参与国际组织与活动的“香港模式”，能否成为两岸关系的参照模式，一直是海峡两岸关注的重要事情。港台航运谈判模式在某种程度上成为两岸“春节包机”模式的参考；2005年两岸“春节包机”的“澳门模式”正在成为两岸接触的新模式，目前有关两岸旅游、金融等方面的合作均试图采取此一模式进行。

2005年连战访问大陆后，大陆考虑比照“香港模式”，让台湾参与世界卫生组织。卫生部官员在接受香港《文汇报》采访时表示，大陆未来将从四个方面促进台湾与世界卫生组织的交流，第一，台湾地区可以作为中国卫生代表团的一员，共同参与世界卫生组织大会。目前，中共卫生代表团由来自中国大陆、香港、澳门的卫生专家组成，卫生部每年都向台湾专家发出邀请。同时表示，香港、澳门经卫生部批准，已成为世界卫生组织西太平洋地区的成员，可与世界卫生组织直接沟通信息，台湾若有意愿，也可比照办理。同时，大陆已与世界卫生组织已就台湾问题形成畅通的工作机制，凡台湾地区主动向世界卫生组织提出要求，世界卫生组织会照会大陆卫生部。这一模式能否进一步完善、推广，以及台湾能否比照香港模式参与国际组织与活动，需要两岸共同探讨，创造多赢目标。

可以说，港澳地区与两岸的互动越来越频繁，合作方式在不断发展，有利相互往来与经济发展，并将为更大范围的合作创造条件。