2009年10月25日，在科技部基础司的委托下，科技部基础研究管理中心组织专家对医学免疫学国家重点实验室进行建设验收。基础研究司、基础研究管理中心、总后卫生部科训局及第二军医大学等单位相关负责同志参加会议并讲话。浙江大学郑树森院士任专家组组长。

会上，专家组听取了实验室主任曹雪涛教授所做的建设验收报告，第二军医大学科研部张从昕教授代表依托单位介绍了相关支持情况。专家组还现场考察了实验室，并与实验室人员进行了座谈。

经过验收，专家组认为：在科学研究方面，实验室已形成了富有特色的学术思想和研究方向，并取得了一系列得到免疫学界高度评价的创新性成果。实验室还将基础研究的结果积极应用于临床，疗效甚佳。在人才培养方面，实验室采取引进与培养并举的措施，切实加强团队建设，成效显著。形成了一支结构合理、充满活力、团结协作、具有创新能力的学术团队。实验室还充分发挥学术委员会的作用，重视国内外学术交流与合作，制定和完善了一系列重要规章制度。设备运行和开放使用效率高，为实验室的创新研究提供了有力支撑。

最后，专家组认为，医学免疫学国家重点实验室按计划顺利完成了建设任务，实现了预期建设目标，大家一致同意通过验收，并提出要进一步扩大实验室在国际学术界的影响等建议性意见。