针对严重威胁妇女、儿童、老年人等脆弱人群和某些地区居民的传染病、地方病等重大疾病和主要健康危险因素，国家设立和实施了重大公共卫生项目。目前，重大公共卫生项目包括结核病、艾滋病等重大疾病防控，国家免疫规划，农村孕产妇住院分娩等。

从2009年开始，我国将增加以下项目：为15岁以下人群补种乙肝疫苗；消除燃煤型氟中毒危害；农村妇女孕前和孕早期补服叶酸等，预防出生缺陷；贫困白内障患者复明；农村改水改厕等。