尽管个别医疗卫生机构或地区医药卫生信息系统建设取得了长足的进步，但总体上发展还很不平衡，基础十分薄弱。目前存在的主要问题有：一是系统内部组织协调薄弱。医药卫生各领域内部信息化建设各自为政，分散和重复建设情况比较严重，资源使用效率和协同能力低下。二是不同部门之间信息分割严重。各个业务部门，按照自身的业务需求和标准，分别开展信息化建设工作。导致垂直业务系统建立各自的“信息孤岛”。三是基础研究薄弱，信息标准缺乏，在政策、管理和技术等层面缺乏科学宏观指导和业务规范，导致数据和信息不能交换和共享。四是资源投入不足，各业务系统和不同地区之间投入不平衡，卫生信息技术人员短缺。由此导致信息系统起不到加强监管、提高效率的应有作用。

今后，将大力推进医药卫生信息化建设，以推进公共卫生、医疗、医保、药品、财务监管信息化建设为着力点，加快信息标准化和公共服务信息平台建设，逐步建立实用高效的医药卫生信息系统。