我国对药品价格实行政府调控和市场调节相结合的管理方式。纳入政府价格管理范围的药品是国家基本医疗保险药品及少数生产经营具有垄断性的药品，约占市场流通数量的20%，销售金额的60%。政府制定药品价格主要是实行最高零售价格控制，生产经营企业可以降价销售。其他药品实行市场调节价，由企业自主制定价格。

政府制定药品价格的主要原则是：补偿成本、合理盈利、反映供求、鼓励创新。在制定价格时还要综合考虑社会经济发展水平、群众承受能力和产业发展政策等因素。政府制定价格的基本程序包括：开展成本和市场价格调查、专家评审或论证、听取生产经营企业及相关利益方意见、价格公示等。

当前，在药品价格方面存在的突出问题是部分药品价格偏高，临床使用高价药品现象比较普遍，而廉价药品企业不愿生产，医疗机构也不愿使用，群众药费负担较重。部分药品价格偏高的主要原因：一是我国药品价格经历了从计划经济时期的严格控制到上世纪九十年代初的基本放开，再到九十年代后期逐步加强管理的过程。1997年政府只管理约200种药品价格，2000年扩大到1500种，2004年扩大到2400种，但也只占有市场流通数量的20%左右。许多药品在放开过程中价格快速上涨，积累的矛盾较多。重新纳入政府定价范围后，降低药品价格，疏导价格矛盾有一个逐步到位的过程。二是现行医疗机构药品零售价格中包含了“补医”的费用。我国医疗服务价格特别是医务人员技术劳务价格长期偏低，医疗机构在医疗服务方面总体上是收不抵支的，为维持医疗机构运行，促进医疗机构发展，满足群众就医需求，国家允许医疗机构通过销售药品获得利润补偿医疗服务亏损。随着医疗机构规模扩大和硬件建设水平的不断提高，成本上升较快，对药品收入依赖也比较严重。改革“以药补医”的现状，取消药品中“补医”的费用尚需要时间。三是流通环节过多过滥，药品不合理加价行为比较普遍。另一方面，政府不断降低政府定价药品价格的同时，对市场调节价的药品价格还缺乏监管手段，一些企业变换名称、剂型变相涨价行为时有发生。