国家针对严重威胁妇女、儿童、老年人等脆弱人群和某些地区居民的传染病、地方病等重大疾病和主要健康危险因素，设立和实施重大公共卫生服务项目。现阶段，重大公共卫生服务项目主要包括：国家免疫规划、重大疾病防控、农村妇女住院分娩等，2009年还将增加开展：为15岁以下人群补种乙肝疫苗；消除燃煤型氟中毒危害；农村妇女孕前和孕早期补服叶酸等，预防出生缺陷；贫困白内障患者复明；农村改水改厕等项目。

重大公共卫生服务项目与群众健康直接相关，可以免除或缓解特定人群的疾病威胁。例如，由于普遍实行儿童免疫规划，我国实现了世界卫生组织提出的“无脊髓灰质炎”的目标，“儿童白喉”已连续20年无报告病例；我国加大重大传染病的防治力度，对艾滋病人实行了“四免一关怀”政策，对结核病人实施以免费治疗为核心的现代结核病控制策略（DOTS）等，重大传染病得到初步遏制；长期以来地方病防治工作稳步推进，已经基本消除碘缺乏病，大骨节病、克山病和氟中毒等病区不断缩小。