雍和宫建于清代京师镶黄旗地界内一个被称作“驼房”的地方,是为康熙四十年(1701年)为其四子胤禛修建的府邸。康熙四十二年(1703年)五月胤禛入住。因胤禛时爵为“贝勒”,故称“贝勒府”。康熙四十八年(1709年),胤禛晋封“和硕雍亲王”,“贝勒府”随之升作“雍亲王府”,雍亲王后来成为雍正皇帝。康熙五十年(1711年),弘历(乾隆)在此出生,并度过了童年时光。雍正三年(1725年),“改府为宫”始称“雍和宫”。雍正十三年(1735年)因为雍正停灵而将宫内中路主要建筑易为黄瓦,后在正寝殿内安供雍正帝御容影像,该殿改称“神御殿”。
乾隆皇帝继位后,于乾隆九年二月初九日(1744年3月22日)颁布上谕,命三世章嘉• 若必多吉活佛(1717-1786)将雍和宫改建为藏传佛教格鲁派寺院。
三世章嘉奉命与二世噶勒丹锡哷图•洛桑丹贝尼玛呼图克图(1689-1762)共同在雍和宫外筑起高墙,将宫内原建改成大经堂、依怙殿、授戒殿、白伞盖佛殿、药师殿、天王殿、钟鼓楼等寺院形制,并供大量经、像、塔三所依。在寺院外围还相继修建起八百余间包括僧舍、印务处、经史馆等在内的附属用房,使原来的行宫逐渐具备了藏传佛教寺院的规模和条件。经堂及僧舍内各种日用品亦由府库配备齐全。乾隆皇帝赐寺名“噶丹敬恰林”(藏语意为“兜率壮丽洲”)。
乾隆九年十二月十八日(1745年1月20日),雍和宫举行了寺院开光仪式。