乾隆四十五年（1779年）六月，为表明拥护清政府治藏政策和反对帝国主义入侵西藏的坚定立场，六世班禅额尔德尼•罗桑巴丹益希启程东行，为乾隆皇帝祝寿，次年七月二十一日到达清廷夏都承德，当年九月来京，驻锡西黄寺。雍和宫也成为接待六世班禅晋京的主要道场。
为迎接六世班禅到来，从乾隆四十四年（1779年）开始，雍和宫仿承德永安寺修建班禅楼、戒台楼两座建筑，供六世班禅到雍和宫驻锡弘法之用。大师居京两月，7次为雍和宫僧众摩顶受戒，3次莅临雍和宫拈香顶礼并“宿居寺内两日”，亲与乾隆面会开示、弘法授教。
九月十四日，六世班禅与皇六子永瑢等到雍和宫礼佛。二十八日，堪布桑吉俄色率雍和宫僧人到西黄寺向六世班禅献礼。西黄寺内举行了规模盛大的有关洗浴、上座供长寿祈祷诵经法会，六世班禅为一千多名僧人摩顶祝福，并讲授了《上师供仪轨》、《兜率上师瑜伽论》、《三时怙主陀罗尼经》、《无量寿佛修念随许法》，还向法会赏赐了法器等。
十月二十二日，在三世章嘉活佛和三世敏珠尔呼图克图的主持下，于雍和宫举行了由内宫喇嘛、京城各寺僧人两千余人参加的祈愿大法会，乾隆皇帝和六世班禅均莅临法会。六世班禅在法会上诵经，祈愿佛法昌盛，大皇帝莲足永驻。二十八日，乾隆皇帝将六世班禅请到雍和宫为其讲经说法。六世班禅向乾隆皇帝讲解了《迅捷智慧六臂依怙随许法》，并敬献了依怙护法天女三尊像、印度火枪、宝剑等物。
十一月初二日下午，六世班禅大师于西黄寺内圆寂。六世班禅圆寂后，每年的六世班禅大师忌辰，雍和宫僧众都会举行法会念诵《六世班禅功德经》、《平安经》等加以纪念，并成为传统，延续至今。
六世班禅进京朝觐，成为清朝前期中国民族关系史上一个重要的历史事件，对于清王朝加强西藏地方政权管理有着重大影响。班禅大师莅临雍和宫“宿寺祈愿”，为确立和强化雍和宫作为皇家寺院管理藏传佛教事务之中心地位以及京师第一皇家御用寺院的地位也产生了深远的影响。