雍和宫也是十三世达赖喇嘛土登嘉措(1876-1933)晋京朝觐时的主要活动场所。光绪三十四年(1908年)十三世达赖喇嘛进京朝觐光绪皇帝,这是继顺治九年(1652年)五世达赖喇嘛进京朝觐顺治皇帝、乾隆四十五年(1780年)六世班禅额尔德尼进京朝觐乾隆皇帝之后,第三位西藏格鲁派宗教领袖进京朝觐。光绪三十四年九月初三日(1908年9月27日),十三世达赖抵达北京,驻锡东黄寺。十三世达赖驻京期间,向雍和宫等23座藏传佛教寺院、8座汉传佛教寺院布施了僧饷基金。十月初二至初四日,十三世达赖喇嘛到达雍和宫,在法会上讲授佛法结法缘等,并在雍和宫驻锡三日。十月十八日、二十日,光绪和慈禧先后驾崩。十月二十七日午前七时,十三世达赖带领堪布喇嘛等进内廷叩谒皇太后、皇帝梓宫唪经超度亡灵。十一月初五日,率京城28座藏传佛教寺庙僧众在雍和宫供设五种供养,致祭皇帝、皇太后。十一月二十六日,在离京前率徒众百余名再次到达雍和宫举办法会。十一月二十八日十三世达赖喇嘛离京返藏。