活佛转世制度形成之后，经过数百年的发展，由于受到世俗社会的影响和权势者的操控，渐失其清净本义，弊端丛生，危及佛法。如护法神接受贿赂随意妄指；“以师弟（徒）之义，徇私擅定，垄断政教大权”；甚至 “将待产女婴定为呼毕勒罕，贻笑大方”，等等。更严重的是噶举派红帽系第十世活佛却朱嘉错（1733-1791）本与六世班禅、仲巴•洛桑金巴呼图克图皆为兄弟，为争六世班禅遗产，竟勾引廓尔喀人入侵，使群众蒙难，寺庙被劫，危及国家安全。
为清除这些弊端，乾隆皇帝应八世达赖喇嘛“立定法制”、“垂之久远”的请求，乾隆五十七年（1792年）在派遣大军入藏驱逐廓尔喀入侵者取得胜利之后，谕令进藏官员筹议善后章程。第二年，清朝政府正式颁布了《钦定藏内善后章程二十九条》。
章程的第一条明确规定：“关于寻找活佛及呼图克图的灵童问题，依照藏人例俗，确认灵童必问卜于四大护法，这样就难免发生弊端。大皇帝为求黄教得到兴隆，特赐一金瓶，今后遇到寻认灵童时，邀集四大护法，将灵童的名字及出生年月，用满、汉、藏三种文字写于签牌上，放进瓶内，选派真正有学问的活佛，祈祷七日，然后由各呼图克图和驻藏大臣在大昭寺释迦佛像前正式认定。”认定达赖喇嘛和班禅额尔德尼的灵童时，“亦须将他们的名字用满、汉、藏三种文字写在签牌上，同样进行，这些都是大皇帝为了黄教的兴隆，和不使护法弄虚作弊”。
乾隆皇帝在制定金瓶掣签制度的同时，制作了两尊金瓶，一个送往西藏，一个放置北京。送往西藏的，供在大昭寺释迦牟尼佛像前，备确认达赖、班禅、哲布尊丹巴和西藏其他各大呼图克图转世灵童掣签之用；置于北京雍和宫的，供内外蒙古及青海、甘肃等地的呼图克图转世灵童掣签之用。
乾隆五十七年（1792年）十月二十六日，由乾隆皇帝亲自审定、朝廷造办处精心制造的金奔巴瓶供奉于雍和宫。乾隆皇帝亲撰御笔《喇嘛说》，揭碑立石于雍和宫，称此举是“辑藏安边，定国家清平之基于永久”的大政方针，并申明“兴黄教即所以安众蒙古，所系非小”。自此开始，自西藏以东的大活佛转世均在雍和宫以“金瓶掣签”的方式决定，奠定了雍和宫在内地藏传佛教管理中的核心地位。