雍和宫正殿的东西两侧设置有讲经、密宗、药师、数学四殿，通称“四学殿”。在清代，这里是藏传佛教在雍和宫的教学中心。根据乾隆皇帝的旨意，依藏传佛教正规寺院建置，藏语称“扎仓”，意为“僧院”，即藏传佛教僧侣修习经典的学校，为蒙古地区培养了大批佛学人才。
藏传佛教正规的寺院教育，是从公元8世纪开始的，自11世纪，即公元1074年阿底峡弟子鄂•洛丹希饶在桑布寺开创修习《释量》、《般若》、《中观》、《戒律》、《俱舍》五部大论的讲经院后，这五部大论，便逐渐成为一般正规寺院的必修科目之一。至15世纪，格鲁派产生以后，由于宗教组织制度上的需要，一寺之中分若干“扎仓”的格局基本定形，成为格鲁派为代表的藏传佛教寺院主体建筑的基本形制。僧人在寺院内首先学习显教教理，学习后可以考取“格西”学位(意思是“善知识”)，得此学位，对于僧人来讲是很荣誉的，同时有资格任寺院的各级“执事”职务。16世纪初，塔尔寺、拉卜楞寺等寺院在原有显宗院的基础上，先后开没了法相院、医学院、时轮学院等。自此，在藏传佛教寺院中，有了修习声明(语言学)、工巧明(工艺学)、医方明(医学)、因明(逻辑学)、内明(佛学)等“五明”的传统。当时，西藏寺院的“扎仓”数量有两个、四个或六个不等，其中以显宗、密宗、医学、天文历算四大“扎仓”为主。雍和宫的“四学殿”也由此而来。
公元1744年，乾隆皇帝将雍和宫改成藏传佛教寺院时，就明确向三世章嘉活佛表明，要在此处培养精通藏传佛教经典、教理传承的僧侣，以使寺院僧人能恒持真谛而不衰泯。之后，乾隆帝即颁渝旨：充任各个扎仓上师的格西，一定要由西藏直接派遣。并指示由七世达赖喇嘛具体办理。七世达赖遂由三大寺和上下密院派出第一批卓有学识的18位高僧前来就职。
与此同时，还集中了蒙古四十九旗，喀尔喀七部以及藏汉地区的年轻僧人，分别于四大扎仓学习。从此，雍和宫有了十分完备的学经组织，使在这里学习的僧众有了很好的学风。
雍和门殿至正殿雍和宫殿南门称为“仪路”，仪路西侧为雍和宫“四学殿”之一显宗殿，又称“西配楼”、“西讲经殿”。前来学习的蒙古喇嘛首先在此学习藏文，待升入正式班后再必修《释量论》、《般若论》、《入中论》、《俱舍论》和《戒律本论》五部大论。
东侧为密宗殿，又称“东配楼”、“东讲经殿”。该僧院主要传授集密、胜乐、大威德等密宗经论，学成后可考取“阿林巴”学位。属于藏传佛教密宗学位，也可理解为“密乘博士”或“密学博士”等。
永佑殿西南厢是雍和宫“四学殿”之一“西配殿”，即通常所称的数学殿或时轮殿，但准确的说法应为杂明殿或综合学殿。该僧院学习声明学、诗学、天文学、历算等综合学问。
东南厢为医学殿，又称“东配殿”或“东学堂”。该僧院主要学习医药学知识。完成所有学业者，可应考“麻林巴”学位。可理解为“医学博士”。
清代雍和宫的“四学殿”，由于学经组织严密，加之高僧大德任教，曾经形成了很好的学风。由此毕业的高才生要被派到其它寺院担任住持等职务。同时，一批又一批学有成就的僧才毕业后返回蒙古地区或进入其它寺院，为藏传佛教文化的传承与开拓做出了贡献。