民进党上台后，逐渐放弃国民党时代推动的“亚太营运中心计划”，而改为推动以物流中心为代表的“全球运筹中心计划”，同时通过租税优惠鼓励企业在台设立营运总部与研发中心，以建构“台湾研发，海外生产”的分工模式。

变“亚太营运中心”为“全球运筹中心”

1995年1月，台湾“行政院”第2414次会议通过“发展台湾成为亚太营运中心计划”，确立了台湾新的经济发展目标与角色定位。该计划主要包括了将台湾建成制造中心、金融中心、海运中心、空运中心、电信中心与媒体中心。当时，台湾当局提出这一计划的一个重要考虑是以大陆为腹地建立台湾成为“亚太营运中心”。然而，在分裂道路上越走越远的李登辉却对此提出质疑，于1996年8月对以大陆为腹地发展“亚太营运中心”大加批判，进而提出以“根留台湾，加强建设”，“戒急用忍，行稳致远”的政策口号，“亚太营运中心”的建设受到影响。民进党执政后，继承了李登辉反对以大陆为腹地建立“亚太营运中心”及建立“科技岛”的思想，逐渐放弃“亚太营运中心计划”，提出“全球运筹发展计划”，希望将台湾建成“全球运筹中心”。

陈水扁上台后不久就表示，新世纪是知识经济的世纪，（竞争优势）不在传统劳动力，而在智慧、知识技术，“亚太营运中心”格局太小，提出“营造台湾成为全世界高科技制造服务中心”的经济发展构想。陈水扁认为，“亚太营运中心”以大陆为腹地，有很多盲点，限制影响台湾成为“亚太营运中心”的优势，因此主张应修正为把台湾营造成为“绿色硅岛”与全球高科技制造及服务中心即所谓的“全球运筹中心”，这样可以避免台湾经济的“大陆化”，从而增强与欧美高科技国家的经济联系。

民进党执政后不久，台湾“经建会”整合“经济部”原“AB计划”（A计划是鼓励大型国际电脑企业在台湾建立BTOB供应链，B计划则是鼓励台湾资讯业者建立本身供应链）及正在规划的“CDE计划”（C资金，D物流，E研发设计协同作业），扩展为“全球运筹发展计划”，即建立示范性的全球运筹资讯共同交换平台，进一步强化台湾电子运筹全球竞争实力，达到“台湾接单，全球获利”目标。这一计划经过修正与完善后，2000年10月起，台湾正式推动“全球运筹发展计划”。该计划旨在协助企业发展全球运筹管理，使台湾成为国际产业供应链的重要环节，运用台湾制造业优势，推动全球布局，建立竞争利基，全力提升台湾的物流、资讯流、金流效率，协助企业整合跨区域资源，发展高附加价值转运服务。同时，台湾积极建立运筹体系整合性资讯平台。为强化台湾“电子运筹”（E-LOGISTICS）全球竞争实力，规划建立示范性全球运筹资讯共同交换平台，建立一个岛内系统商、零组件厂商、银行、物流及国际采购商接轨的共同网路平台，使在台湾采购、传递设计概念、电子表单转换、品质报告以及运筹业者资讯连接，均可通过网路达到省时、省钱的效益，进而吸引国际采购商来台下单以掌握资源。

2001年2月15日，台湾“经建会”举行针对“亚太营运中心计划”的最后一次检讨会议。“经建会”副主委表示，该计划自1995年推动以来，已带动1万多亿元新台币的投资，未来将不再专门列管，尚未完成事项纳入“全球运筹发展计划”与“知识经济方案”。“全球运筹发展计划”共有45项具体计划，到2001年底共完成包括电子商务、物流与基础设施及法律修订等32项具体措施的执行。其中包括了通过优惠税收鼓励设立营运总部、推动高雄港整体规划、桃园货运园区与台北港建设等。

“全球运筹发展计划”推动以来，已发挥吸引岛内外企业在台设立物流中心或运筹中心的功效。2001年以来，世联仓储运输、新系统物流与昭安物流公司获准在台设立物流中心；美国应用材料公司在桃园建立首座北美以外半导体设备物流中心，以作为亚太地区半导体设备及零组件配送运筹中心；美国AIRIS公司计划与台糖公司合资兴建经营航空货物集散站与物流中心，英特尔公司在台设立该公司在亚太地区第一个仓储中心及在台北设立品质支援中心；DHL国际快递公司宣布“深耕台湾投资计划”，与长荣合资成立快递货物转运处理专区；UPS快递公司将台湾定位为“泛太平洋区转运中心”；日本邮船与高雄港合资以高雄港作为东亚地区主要转运港口。

为实现台湾成为“全球运筹中心”目标，台湾当局通过租税优惠政策等鼓励企业在台设立营运总部与研发中心。

通过税收优惠鼓励在台设立营运总部

为建立“全球运筹中心”及避免台商及在台跨国公司转移大陆，台湾当局通过税收优惠政策，鼓励企业在台设立营运总部。在“六年发展重点计划”中，台湾将建设营运总部列为重要内容，其主要规划包括了规划自由贸易港区、奖励企业营运总部、建设海空联港、无障碍通关与产业全球运筹电子化等。

2001年11月，台湾“立法院”三读通过修正“促进产业升级条例”，2001年1月30日公告该修正案，2月1日起生效。该条例明订多项租税减免措施，包括外国企业在台设置物流配销中心可免征营利事业所得税、总部设在台湾的公司其国外关系企业管理的投资收益及处分利益等免征营利事业所得税等。

2002年1月初，台湾“经济部工业局”提出一项推动“企业营运总部行动方案”；4月“行政院”通过该方案，给予在台设立营运总部的企业，其海外子公司汇回台湾的权利金、研发管理服务费、投资收益等免缴营利所得税。6月初，“行政院”核定并公布《企业营运总部租税奖励实施办法》。依照规定，为鼓励公司运用全球资源，进行国际营运布局，在台湾境内设立一定规模且具重大经济效益的营运总部，下列三种所得可免营利事业所得税；对国外关系企业提供管理服务或研究开发的所得；自国外关系企业获取的权利金所得；投资国外关系企业取得的投资收益及处分利益。设立营运总部的企业还必须符合如下条件：一是雇用岛内员工月平均达100人，其中大专门毕业人员平均达50人；二是年营业收入净额达新台币10亿元；三是年营业费用达5000万元；四是营运范围包括统筹海外各国或地区关系企业经营策略，知识财产管理、财务管理、国际采购、市场行销、后勤支援、人才资源、研究设计与工程技术或高附加价值生产等营运活动；五是外国关系企业应在2个以上国家设立登记营业，且须有实质活动；六是外国关系企业的年营业收入净额合计达新台币1亿元以上。另外，企业在申请设立营运总部时，须取得“经济部”核发的“符合营运总部营运范围证明”。

这项办法还针对大陆台商订有特别条款，即将对大陆、香港与澳门投资视为“一个国家投资”，就是说台商在大陆及港澳投资外，还必须到其他国家投资才能在台设立营运总部与享受税收优惠；同时不承认在海外设立的“纸上公司”（主要是台商在第三地设立对大陆投资的控股公司），其实就是迫使台商分散投资，压制中小企业对大陆投资。随后，中小企业对此规定强烈反对，要求当局放宽企业申请设立营运总部的标准，而且这一政策也不符合吸引大陆资金回流的政策目标。因此，台湾“经济部”随即决定，新增“台商在台设立营运总部标准”，具体标准与奖励办法预计在2002年底完成，初步决定未来只要台商在大陆投资并登记营业，即可享受租税减免优惠，以鼓励大陆台商根留台湾及资金回流台湾营运总部。

依台湾“经济部”评估，现阶段潜在符合在台设立营运总部的企业超过400家，估计到2011年可推动200家企业在台设立“全球营运总部”，1000家企业在台设立“区域营运总部”，可提供20万个就业机会。这一政策出台后，已出现岛内外企业在台湾设立营运总部与扩大投资的热潮。依“经济部工业局”统计，到6月初，已在大陆有投资的台南纺织、鸿海、宝成工业、宏基、纬创、明基、源兴科技、东元、巨大、台塑集团、正新橡胶、丰泰、大同、统一超商与堤维西等50家台湾企业计划在台设立营运总部，预计年内至少可成立100家营运总部。同时，台塑、鸿海等一批大企业纷纷宣布在岛内的巨额投资计划。这充分显示，税收优惠政策对鼓励企业在岛内设立营运总部与投资具有很大的吸引力。

鼓励企业设立研发中心

近年来，台湾当局积极鼓励企业在岛内设立研发中心。“经济部长”林信义在2001年曾撰文指出，希望在未来五年建构发展台湾成为区域创新研发中心的环境，推动跨国企业在台设立研发中心。

台湾“经建会”、“国科会”与“经济部”等在2001年11月共同提出“鼓励产业创新研发”政策建议，鼓励企业、跨国公司与大学在台设立研发中心，计划在五年内发展台湾成为亚太地区的产业创新研发中心，推动台湾成为本地企业的创新研发总部，以及跨国企业的区域研发中心。台湾还将建立创新研发基地纳入“六年发展重点计划”。其主要措施包括：一是政府补助20亿元，吸引跨国企业来台设置区域研发中心，预计到2008年至少鼓励30项跨国企业在台设立区域研发中心；二是奖励岛内民间企业设置创新研发中心，使台湾成为本地企业创新研发总部，预计在六年内促成40个以上的企业成立研发中心。

在“六年发展重点计划”中，除鼓励吸引跨国企业在台设置区域研发中心与奖励民间企业设置创新研发中心外，还以当局主导扩大或新建一批重大研发中心。其中包括“中央研究院”的基因体研究中心、中山科学院龙园园区的行动通讯工程中心、工业研究院的新竹纳米应用研发中心、南港软体园区的设计研发中心（以研发系统单晶片SOS为主，加速台湾成为高附加价值的SOS设计与研制中心）、电信技术中心、中部精密机械创新研发社区、南部产业创新研发示范区（以研发中草药、保健食品、光通讯元件、网络与通讯、微机电应用及精密机械等为主）等。另外，积极建立全岛开发型的创新科技园区，包括新竹生物医学园区、新竹IC设计园区、中部科学园区、中部再生科技园区与花卉生物科技园区、台南科学园区、农业生物科技园区、再生科技园区与南港生物科技园区等。

在政策引导下，台湾许多科技企业加快在台成立研发中心及加大在台投资。知名的宏基、明基、广大、仁宝、三阳、大众等大公司先后宣布在台扩大成立研发中心。明基电通公司于1999年在台湾设立“前瞻技术中心”，后扩大技术中心规模，并计划成立中央研究所；2002年初，鸿海集团表示投资200-300亿元新台币在台北设立全球研发中心及上下游卫星工厂；广大电脑公司计划设立人员达1000人的大型研究所（位于林口营总部旁）；宏基与美国大学合作在龙潭渴望园区成立“价值实验室”，引进国际级研究机构的顶尖研究计划，进行中长期研发；仁宝公司正式成立先进技术中心，研究近期的创新应用技术与中期前瞻性技术。外商也有意在台设立研发中心，如西门子公司计划在台设立其在亚洲的第二个重电技术服务中心。

值得注意的是，台湾企业扩大在台设立营运总部、研发中心及运筹中心，除了当局税收优惠政策具有吸引力外，主要是看好两岸“三通”后的商机。若直接“三通”不能实现，台湾要建成“全球运筹中心”可能仍有相当大的困难。