关于科学和基督教的关系问题，早期的观点认为两者本质上具有不相容性。有许多事件被用来证明这一观点，其中之一便是哥白尼的“太阳中心说”曾遭到教会的激烈反对等。许多学者如德雷伯、怀特和罗素也都著书论证这个观点。
不过，随着科学史学家对科学发展过程中社会、经济因素的重新认识，学者关于这一问题的观点也发生了变化。格兰特认为，中世纪的神学家认可自然哲学是阐释神学的有用工具，既可以把科学应用于神学，又可以把神学应用于科学。怀特海也曾提到：“在现代科学理论还没有发展以前，人们就相信科学可能成立的信念是不知不觉地从中世纪神学中导引出来的。”尤其是《十七世纪英格兰的科学、技术与社会》中提出的清教有助于科学在17世纪英格兰的扩张这一“默顿命题”，从文化价值的角度证明了基督教对近代科学的贡献。此外，科学史学家科恩指出：“在近代科学形成的几个世纪里，宗教（或至少是一种宗教背景或宗教价值）可能对科学的发展施加了一种正面的力量。”弗斯特甚至认为，正是基督教的上帝创世论成功融入科学中才导致了近代自然科学的诞生。于是，对科学与宗教关系的认识变得丰富多样。巴伯在《当科学遇到宗教》中将科学与宗教的关系划分为四类：冲突、无关、对话和整合，并反复强调其复杂性。本文将专注于自然神学与博物学（科学的一种）的关系。
文艺复兴时期，西方的社会、经济、文化发生了重大变化。1525年，威廉·廷代尔将《圣经》翻译成易懂的英文，活字印刷术的发明也使普通人直接阅读《圣经》变得可行。同时，宗教改革又使人们可以通过《圣经》直接与上帝交流。于是，人们可以自己阅读《圣经》，思考并观察世间之物。与此同时，人们也开始相信对自然的直接体验等同于对《圣经》的体验，通过这本“自然之书”也可以了解上帝的存在、特性和意图。这部“自然之书”对所有人开放，而他们都可以掌握那些植根于自然中的上帝的规律。于是，自然神学（naturaltheology）应运而生。它认为上帝的存在可以从自然设计的证据中推导出来，或者通过研究自然秩序就可以增加对上帝本质与目的的理解。1802年，英国圣公会牧师威廉·佩利出版《自然神学》一书，通过手表和钟表工匠的比喻论证了自然神学的合理性。他在书中声称：通过在宇宙中观察到计划的一致性可以证明上帝的统一性，这种一致性既是科学探索所假设的，也得到了科学探索的证明。于是，自然神学不仅为科学家理解、解释自然提供了必要的途径，还为近代科学家提供了必要的研究动力。
博物学的历史十分悠久，它的主要工作就是对自然之物进行观察、描述和分类等，因而与自然神学有着天然的内在联系。作为重要的知识分子之一，宗教人士一直是博物学发展的重要推动力量。他们以博物学为研究乐趣，深信由此可以发现并颂扬上帝。其中，最具代表性的神职博物学家是约翰·雷，他认为博物学中渗透着宗教含义，并为自然神学奠定了基础。他指出一切动物都体现了造物之巧妙，其研究动物的主要目的是通过理解动物形态结构中体现出的技巧与美来体会神造物的意图。他还以动物的眼睛为证据，“说明上帝的设计充满智慧和仁慈，同时说明人们可以通过这类显示着确定性的例子来确定上帝的存在及其特性”。除他之外，牧师托普塞尔撰写了《四足动物志》和《蛇志》，也认为认识动物可以使人们更好地理解神的力量。牧师怀特的《塞尔彭博物志》是最受欢迎的博物学著作之一，也开启了一种人文形式的博物学研究。而他拥有如此独特的生态学见解，正是因为他对设计了这个美好生命世界的上帝怀有相当深切的尊敬，科学与信仰在他身上合二为一，形成了一个共同的结果。到18世纪中期，普吕什修士还创作了深受欢迎的博物学著作《自然奇观》，试图激发人类对全知全能创造者的敬畏之情。除此之外，还有许多牧师、神父都是优秀的博物学家，如塞奇威克、伯尼、米歇尔、亨斯洛、孟德尔、若丹、德日进等。
当然，还有许多不担任神职的博物学家也试图通过观察、描绘和研究自然来颂扬上帝。博物学家林奈曾写道：人类是为了研究造物主的作品这一目的而创造的，因而他可以在这些作品中观察到神性的智慧的明显标记。布丰也将物种定义为一个可以算作是上帝创造物之一的整体，是上帝创造物中的一个单元。班克斯也认为每一个单独的物种都是上帝专门为该地区设计的，于是神恩的无限关照才生产出这么多的物种，并且与他创造的多种多样的气候完全吻合。达尔文也曾在自传中提到佩利的自然神学令他印象深刻，对他帮助很大。即便在提出进化论之后，达尔文仍然认为上帝是自然的设计者，只不过不再设计具体细节而是设计进化过程的规律，把细节留给偶然性去完成。进化论提出之后，钱伯斯还提出了具有自然神学色彩的“进步性发育法则”。格雷也坚持进化的进步性和目的论，并且将其置于自然神学的框架中。直到20世纪，迈尔还认为，进化生物学的发展从客观上曾得益于自然神学，自然神学涉及造物主的智慧，造物主设计的一切结构的适应性，以及生物相互作用中表现出的完美无缺。
因此，尽管现阶段自然神学与博物学都已退出了主流科学的舞台，但在自然神学和博物学盛行的17到19世纪，不仅自然神学为博物学的研究和发展提供了精神依托和动力，这种博物学也成为了自然神学的主要阵地。现如今，由于环境、生态等问题频现，宗教、伦理等非科学因素也逐渐受到重视。这或许可以成为医治还原论、机械论科学的良药，从而为重新看待人与自然的关系提供新视角。
（作者单位：北京大学哲学系）
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