第二届国家环境友好工程的评选于2007年9月启动，评选活动组委会在钓鱼台国宾馆举行新闻发布会，超过50余家电视、报纸、网络媒体刊登了“国家环境友好工程”启动的消息。

2007年9月25日，原国家环保总局发文《关于开展国家环境友好工程评选活动的通知》（环发[2007]145号），要求各省局组织做好此项工作。

在申报期内，全国共有30个省、自治区、直辖市政府主管部门（含军队）依据评选规则，在辖区内公开征集申报项目，对所有候选项目进行初评后向评选活动组委会提交了94个申报项目。

2008年2月18日，根据评分办法，组委会秘书处组织专家对94个项目进行初评，确认24个项目通过初评，并就其中21个项目进行实地核查。

2008年3月至4月初，组委会秘书处组织专家、当地义务监督员（NGO代表和大学生环保志愿者）、地方环保部门分8组对21个项目进行了实地核查，并提出了核查意见。同时，对第一届国家环境友好工程的部分项目进行了后评估（复查）。

2008年4月5日，组委会各核查组对初评通过的24个项目进行了核查意见汇总和复评，根据评选办法，推荐17个项目交专家评审委员会评审。

2008年4月25日，组委会在环保部召开专家评审会，通过无记名投票方式，对17个项目进行打分排序，最终确定前10个项目进行公示。

2008年6月2-13日，组委会向社会公示获奖项目候选名单，接受社会各界人士对十个公示项目的咨询和质疑。

2008年6月19日，环境保护部下发《关于发布国家环境友好工程项目的通知》，确认十个公示项目获得本届国家环境友好工程称号。

2008年7月8日，组委会在京召开颁奖大会暨绿色中国论坛，对十个获奖项目授予奖牌和证书，进行公开表彰。